Sito della USS Seleya

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Gennaio

In attesa del ritorno di Sisko, Kira Nerys viene promossa Colonnello della Milizia e le viene affidato il comando di Deep Space 9.

Febbraio

I Son'a, una piccola potenza locale, scoprono il pianeta dei Ba'ku all'interno della Briar's Patch.

Marzo

Tre mesi dopo la morte di Jadzia, Sisko è ancora a New Orleans dal padre. Una sera, improvvisamente, ha una visione: scava la sabbia di un pianeta desertico e dissotterra un volto femminile. Usando un software per identikit Sisko ricostruisce il volto della donna. Jake lo riconosce: è presente in una foto insieme a suo nonno Joseph. Incalzato da Sisko, suo padre racconta che la donna si chiamava Sarah, ed è la vera madre di Sisko. La donna è scomparsa poco dopo il primo compleanno di Sisko, ed è morta tre anni dopo.
Joseph porta al figlio l'unico cimelio di Sarah: una catenina con una scritta in bajoriano antico. Quando Sisko la decifra, la scritta recita "Cristallo dell'Emissario", che però non ha mai sentito nominare e non viene citato in alcun testo sacro bajoriano. Sisko, Jake e Joseph decidono di partire per Tyree, il pianeta desertico della visione che Sisko ha riconosciuto.
Su Deep Space 9 e su Bajor aumentano i problemi: cresce il numero di seguaci dei Pah-Wraith, e crescono i disordini fra loro e i fedeli dei Profeti.
Worf è inquieto, e O'Brien scopre perché: Jadzia è morta in maniera disonorevole, e quindi non può accedere allo Sto'Vo'Kor. Esiste una soluzione (altri guerrieri possono combattere una battaglia gloriosa e intestare a Jadzia la vittoria), ma l'Ammiraglio Ross non vuole autorizzare la missione. Worf ne parla a Martok, che convince Ross.
I Romulani creano un comando su Deep Space 9. Kira è preoccupata per la convivenza con i Klingon, ma Odo scopre un problema ben maggiore: i Romulani hanno installato un ospedale su una luna di Bajor, che in realtà viene usato come deposito di armi. Sale la tensione fra Bajor e l'Impero Romulano.
La Battaglia di Chin'toka continua senza sosta, e si è trasformata in una carneficina. Anche i continui attacchi suicidi ai Cantieri di Monac IV non vanno meglio, e per questo Worf e Martok li scelgono per aprire i cancelli dello Sto'Vo'Kor a Jadzia. Bashir e O'Brien si uniscono alla missione.
La sera prima della partenza Sisko viene accoltellato da un giovane bajoriano, più tardi identificato come un seguace dei Pah-Wraith. Sisko, isolato da mesi, non ne sa nulla.

Aprile

Mentre i Sisko stanno per lasciare New Orleans vengono raggiunti da una giovane guardiamarina trill: Ezri Tigan, l'ultima Ospite del Simbionte Dax...
Su Cardassia muore, in un incidente del teletrasporto, Weyoun 5. Vista la sua importanza a capo dell'intero sforzo bellico del Dominio, viene subito attivato un nuovo clone del Vorta.
In viaggio verso Tyree, Ezri racconta la sua storia: era Assistente Consigliere sulla USS Destiny, la nave che stava trasportando Dax su Trill, quando le condizioni del Simbionte sono improvvisamente peggiorate e il dottore ha dovuto impiantarlo nell'unica Trill presente a bordo. Ezri è ancora disorientata, perché non volendo Unirsi non era pronta, e sta male, perché lei e Dax non sono del tutto compatibili. Una volta impiantato, però, un Simbionte è "per sempre" e anche la Commissione Simbiotica non può aiutarla.
Alla fine, ha fatto l'unica cosa che le sembrava sensata: ha preso una licenza a tempo indeterminato ed è andata a cercare il suo vecchio amico Ben Sisko.
Worf, Martok, Bashir, O'Brien e anche Quark iniziano la cerimonia per consacrare a Jadzia l'imminente battaglia, e aprirle così i cancelli dello Sto'Vo'Kor. Gli attacchi frontali hanno fallito, ma Martok escogita un piano alternativo: far esplodere la stella del sistema. Il primo attacco fallisce, ma il secondo riesce e i cantieri di Monac IV vengono completamente distrutti. Il Dominio deve rallentare i piani per la riconquista di Chin'toka.
Su Deep Space 9 la tensione fra Romulani e Bajoriani continua a salire. Il Consiglio della Federazione ha mandato una nota di protesta, ma teme che i Romulani lascino l'Alleanza e non calca la mano. Bajor organizza un blocco navale per impedire l'arrivo di nuove armi, ma può schierare solo vecchie navi del tutto inadeguate a combattere i Warbird romulani. Trattative frenetiche mediate dalla Federazione portano ad un accordo: i Romulani ritirano le armi dall'ospedale in cambio della promessa dei Bajoriani di difenderlo in caso di attacco.
Il runabout con Dax e i Sisko arriva su Tyree. Dopo una giornata infruttuosa Sisko ha un'intuizione, scava in un punto ben preciso e dissotterra uno scrigno che contiene un Cristallo che ancora brilla. Sisko lo tocca e si ritrova nel Tempio Celeste, mentre il Tunnel si riapre e i Pah-Wraith ne vengono scacciati.
Nel Tempio Celeste Sisko incontra il Profeta che ha condiviso l'esistenza lineare con sua madre. "Sarah" gli dice che la sua missione è finita: Sisko ha l'essenza dei Profeti, ma è stato concepito nell'esistenza lineare in vista di quel momento, cioè superare il Giudizio e battere il Kosst Amojan.
Sisko emerge dal Tempio Celeste, e si ritrova ancora su Tyree. Lui, Joseph, Jake e Dax lasciano il pianeta diretti su Deep Space 9. Dopo aver lasciato Joseph sulla Terra, Sisko, Jake ed Ezri arrivano sulla Stazione, dove sono tutti sconcertati nell'incontrare la nuova Ospite di Dax. Soprattutto Worf...
Adattamento difficile per Dax, tra luoghi familiari ed estranei allo stesso tempo, il tempio sulla Passeggiata - dove è stata uccisa Jadzia - e Worf, con cui le leggi di Trill le vietano di interagire. Dax confida a Quark di volersene andare. Sisko la incarica di aiutare Garak a superare la claustrofobia che gli impedisce di lavorare a decrittare le trasmissioni del Dominio. Nonostante un avvio difficile, Dax riesce ad aiutare Garak e decide di fermarsi su Deep Space 9. Sisko la promuove a Sottotenente e le affida l'incarico di Consigliere della Stazione.
Il Dominio non sospetta che le sue trasmissioni vengano decifrate. La distruzione dei cantieri di Monac IV lo costringe a spostare navi da altri Settori verso il Sistema Chin'toka.
L'Alleanza pianifica un attacco nel Settore Kalandra, per allontanare la minaccia dai mondi centrali della Federazione e chiudere in una sacca le forze che occupano Betazed.
Partita a baseball fra i Niners, guidati da Sisko, e i Logicians, Vulcaniani guidati da una vecchia nemesi di Sisko. La partita finisce 10 a 1 per i Logicians, ma i Niners festeggiano lo stesso.
Il Jack Pack torna su Deep Space 9 con una missione per il dottor Bashir: far uscire Sarina dal suo stato catatonico, sempre più profondo. Bashir scopre che ciò è dovuto al suo Potenziamento, che ha riguardato il cervello ma non i canali di input, e potenzia i suoi collegamenti sinaptici per "riallinearla". L'operazione riesce, e Sarina inizia ad assimilare informazioni ad un ritmo crescente, dimostrando di essere un vero genio in molti campi.
Sarina e Bashir iniziano una relazione, ma dopo qualche giorno lei torna al suo precedente stato di catatonia. Bashir non riesce a individuarne le cause, finché il Jack Pack gli offre la spiegazione: Sarina finge, perché non ricambia i sentimenti di Bashir ma non vuole deluderlo. Il Jack Pack torna all'Istituto, mentre Bashir trova a Sarina un tirocinio annuale e la possibilità di rifarsi una vita.

Battaglie di Ricktor Prime e di Eldronath, vinte dall'Alleanza a prezzo di gravi perdite.

Il vulcaniano Chu'lak è uno dei sei soli superstiti della USS Grissom, distrutta negli scontri. Dopo un breve congedo viene riassegnato a Deep Space 9.
Monica Bilby - la vedova del capo del Sindacato di Orione su Farius Prime diventato amico di Miles O'Brien - viene uccisa su New Sidney, nel Sistema Sappora, il pianeta su cui vive con i figli.

Maggio

Sisko lascia Deep Space 9 per una missione di tre giorni. Al suo ritorno vuole trovare sistemato un problema sulla Defiant, compito che O'Brien giudica impossibile vista la mancanza di ricambi.
Odo lascia la Stazione diretto a un appuntamento con Gul Russol, il suo principale informatore cardassiano. Per la Flotta, però, Gul Russol è stato ucciso e quindi l'incontro è una trappola.
Odo raggiunge il luogo dell'appuntamento ma a trovarlo, invece del Cardassiano, trova Weyoun, che gli conferma che Gul Russol è stato in effetti ucciso l'anno prima. La vera notizia, però, è un'altra: Weyoun vuole disertare. Teme di venire giustiziato perché la guerra non va come previsto, e piuttosto che morire preferisce rivelare a Odo tutti i suoi segreti.
Durante il viaggio verso Deep Space 9 il runabout di Odo viene contattato da... Weyoun, che spiega a Odo la situazione: tutti i Vorta sono cloni. Weyoun 4 è stato ucciso dai Jem'Hadar su Vandros IV, e subito sostituito da Weyoun 5, che a sua volta è morto in un incidente del teletrasporto un mese prima. Vista la sua importanza cruciale a capo dello sforzo bellico, è stato attivato Weyoun 6, quello sul runabout con Odo, che però ha mostrato un "difetto di fedeltà" verso i Fondatori. In attesa di eliminare Sei, la Fondatrice ha deciso di non perdere tempo e attivare subito Weyoun Sette, quello che da Cardassia sta parlando con Odo.
Sette ordina a Sei di porre fine alla sua vita per salvare, se non altro, il buon nome dei Weyoun. Sei rifiuta.
Su Cardassia, Weyoun è demoralizzato per la decisione presa dal suo "predecessore", ma ha un problema più urgente: impedire che le informazioni di Sei arrivino all'Alleanza. Su suggerimento di Damar, Sette accetta l'inaccettabile: uccidere Odo e Sei. Basta riuscire a non far sapere ai Jem'Hadar che il runabout che devono distruggere trasporta un Fondatore.
Il piano non riesce, grazie alle conoscenze di Sei sui punti deboli delle navi del Dominio. Nemmeno l'espediente di usare navi cardassiane riesce, perché la Fondatrice - ignara della situazione - interviene.
Sul runabout Odo e Weyoun parlano, con il Vorta che racconta al suo compagno di viaggio la storia del suo popolo e di come la sua evoluzione sia stata guidata e protetta dai Mutaforma. Odo si mostra colpito dalla storia, e Weyoun risponde all'empatia del Mutaforma svelandogli il segreto meglio custodito del Dominio: i Fondatori sono malati e stanno morendo. Tutti.
I Mutaforma sono, naturalmente, immuni a qualsiasi patogeno. Il fatto che loro, e solo loro nel Dominio, siano malati porta a ritenere che si tratti di un attacco deliberato e non naturale. Il patogeno, un virus, si è diffuso attraverso il Grande Legame. Nessun Mutaforma ne è immune, tranne Odo che non è stato contaminato. Sarà quindi, probabilmente, l'ultimo della sua specie.
Odo è sconvolto, ma per Weyoun è una buona notizia: come ultimo dei Fondatori sarà anche il solo capo del Dominio, e potrà plasmarlo come vuole, rendendolo più simile alla Federazione.
Su Deep Space 9 Nog usa il suo talento ferengi per aiutare O'Brien a svolgere i suoi compiti, organizzando una fitta rete di scambi di ricambi e favori che ottiene risultati insperati.
I Jem'Hadar riescono a braccare il runabout con Odo e Weyoun. Per salvare la vita del suo dio, Sei si mette in comunicazione con Sette e si uccide davanti ai suoi occhi. Odo torna sulla Stazione.
Kor, Dahar Master dell'Impero Klingon, si reca su Deep Space 9 per bere con Worf alla memoria dei compagni caduti - Kang, Koloth e, da ultimo, Jadzia - e per chiedergli un favore: Kor è vecchio, e come ogni guerriero vuole morire in battaglia e non nel suo letto, ma Martok gli impedisce di avvicinarsi al fronte, e senza affrontare il nemico è impossibile morire in battaglia.
Worf ne parla con Martok, che è però irremovibile. Poi gli spiega il perché: figlio di una famiglia di umili contadini, grazie al suo talento Martok è entrato alla Scuola Ufficiali, e si sarebbe diplomato primo del suo corso se Kor non avesse ritenuto un plebeo indegno del ruolo. Lo ha umiliato e relegato ad un ruolo di mozzo su una nave trasporto. In battaglia contro i Romulani Martok si è però distinto, e ha ottenuto sul campo il ruolo di ufficiale, inizio di una sfolgorante carriera. Martok però non ha dimenticato né vuole perdonare l'affronto di Kor.
Martok decide di attaccare la base del Dominio su Trelka V, come diversivo per poi colpire i cantieri di Manora, l'impianto che clona i Jem'Hadar su Sheva II e il nuovo deposito di Bianco. Worf decide di far partecipare Kor, e Martok accetta solo per non sfidare a duello Worf. I Klingon hanno cinque navi, ma le informazioni di intelligence sono sbagliate e non bastano: una nave viene distrutta subito, le altre vengono danneggiate, rinunciano all'operazione e tornano verso il territorio alleato, inseguite dai Jem'Hadar.
Kor usa una nave, e un gruppo di guerrieri volontari, per fermare i Jem'Hadar. Li impegna in battaglia, e ottiene l'agognata morte gloriosa.
La Defiant raggiunge il Sistema Chin'toka, occupato dall'Alleanza cinque mesi prima. La battaglia non è mai finita, e il sistema appare pieno di rottami di navi e di siluri e mine inesplosi. A terra l'Alleanza ha occupato AR-558, una stazione di comunicazione del Dominio, ma le truppe non sono mai state rimpiazzate e sono sotto attacco ogni giorno.
Centinaia di Jem'Hadar marciano verso AR-558. I soldati della Federazione usano mine nemiche, presenti in gran numero, per bloccare il passaggio ai Jem'Hadar e ridurne il numero. La battaglia prosegue per tutta la notte. All'alba una nave trasporto truppe, scortata dalla Defiant, supera il blocco. Nuove truppe sostituiscono i veterani, e AR-558 resta in mano alleata.
Prima della battaglia, durante una ricognizione, Nog rimane gravemente ferito e perde una gamba. Bashir non è sicuro che un trapianto lo aiuterà, a causa dei danni ai nervi.
O'Brien lascia Deep Space 9 diretto su New Sidney, Sistema Sappora, per avere notizie di Monica Bilby, la vedova dell'ex capo del Sindacato di Orione su Farius Prime.
Su Deep Space 9 Kira riceve la visita di Vedek Fala, che le dona un piccolo cristallo che si rivela però essere un trasponder collegato a un teletrasporto del Dominio.
Il teletrasporto è in grado di coprire distanze stellari, e Kira si ritrova su Empok Nor circondata da decine di seguaci dei Pah-Wraith. Questi Bajoriani sono guidati da un Maestro, Gul Dukat, che ha imposto vari obblighi ai suoi seguaci, compreso quello del celibato. Una ragazza, però, partorisce un bambino cardassiano. Dukat grida al miracolo, ma lei decide di dire la verità.
Dukat tenta di ucciderla, ma Kira la salva. Dukat chiude Kira nel suo alloggio, avvisa Deep Space 9 su dove trovarla e decide di eliminare tutti i suoi seguaci, dopo aver elaborato una storia di "liberazione dall'involucro materiale per combattere a fianco dei Pah-Wraith". Poi distribuisce a tutti - tranne che a se stesso - pillole per suicidarsi.
Il piano di Dukat viene scoperto e tutti, a parte Vedek Fala, rifiutano di uccidersi. Dukat riesce a fuggire mentre Kira e i Bajoriani vengono portati in salvo su Deep Space 9.

Giugno

Il Corpo Ingegneri della Flotta Stellare decodifica i codici di sicurezza di AR-558 e inizia a intercettare le comunicazioni del Dominio.

La navetta in arrivo da New Sidney attracca su Deep Space 9, ma O'Brien non è a bordo. Sisko incarica Dax di andare a cercarlo, visto che la sua famiglia possiede un'importante miniera nel sistema e ha ottime connessioni con le autorità. Dax è poco entusiasta, visti i pessimi rapporti con la sua famiglia, ma parte lo stesso.
A casa ci sono problemi che la madre di Ezri ignora: il Sindacato di Orione ha messo gli occhi sulla miniera - che frutta mille barre di latinum di utile al giorno - e continua a sabotarne le attività per indurre i Tigan a vendere. Intanto O'Brien viene scarcerato dalla polizia locale, che lo aveva arrestato dopo averlo trovato ferito da picchiatori nausicaani al soldo del Sindacato, a cui non sono piaciute le sue domande su Morica Bilby.
O'Brien aiuta i Tigan a sistemare i guai tecnici alla miniera, ma così scopre la presenza del Sindacato. Indaga sulla morte di Morica e scopre che era a libro paga della compagnia, e con uno stipendio astronomico. Siccome è stata tolta dalla lista dei dipendenti il giorno dopo la sua morte, ma molti giorni prima che il suo cadavere venisse scoperto, è ovvio che qualcuno dei Tigan lo sapeva. Ma chi?
Dax e O'Brien affrontano la famiglia Tigan, ed emerge la verità: lo stipendio di Morica nascondeva il rimborso di un prestito ottenuto dal Sindacato per mantenere la miniera in attività. La contabilità era gestita dal minore dei fratelli che, stanco delle richieste sempre più esose, ha litigato con Morica e per errore l'ha uccisa. L'assassino viene processato e condannato a trent'anni di prigione, mentre O'Brien prima e Dax poi tornano sulla Stazione.

Battaglia di Chudala. Le forze alleate conquistano il sistema e annientano un convoglio di rifornimenti, per poi stabilire una solida base nel Settore Kalandra da cui partire per liberare Betazed.

Nog ritorna su Deep Space 9, in convalescenza dopo le ferite riportate su AR-558. Lo stress post traumatico è però peggiore di quanto appaia, e dopo aver disertato le sedute (obbligatorie) con il Consigliere della Stazione, Nog prima si confida con Vic Fontaine, poi decide di restare a vivere all'interno del programma, gettandosi a capofitto nella gestione dei conti del locale e in ambiziosi progetti di ristrutturazione... nessuno dei quali è reale.
Tre omicidi su Deep Space 9, apparentemente scollegati tranne che per il metodo di esecuzione: un colpo sparato a bruciapelo usando un TR-116, un'arma da fuoco sperimentale che usa proiettili in tritanio. Ezri decide di indagare, e usa una versione parziale del Rito di Emersione per farsi aiutare dalla personalità di Joran Belar, uno dei precedenti Ospiti di Dax rimosso quando si è scoperto che era un assassino psicopatico.
Joran si dimostra in effetti molto utile nell'indagine, e aiuta Ezri a trovare il colpevole: il vulcaniano Chu'lak, uno dei sei soli ufficiali della Flotta Stellare imbarcati sulla USS Grissom che sia sopravvissuto alla Battaglia di Ricktor Prime. Il profondo trauma subito gli ha fatto perdere l'equilibrio, e ha deciso di eliminare chiunque si mostrasse felice. Usando una replica del TR-116 Dax elimina Chu'lak proprio un attimo prima che sia il Vulcaniano a uccidere lei.
Odo e O'Brien scoprono un altro dei cento Mutaforma che il Grande Legame aveva mandato ad esplorare la Galassia, gruppo di cui faceva parte lo stesso Odo. Dal nome che gli hanno dato gli abitanti del pianeta dove è cresciuto, il Cambiante si fa chiamare Laas.
Laas resta qualche giorno su Deep Space 9, ma crea continui problemi finché non litiga con due Klingon, uccidendone uno. Arrestato, evade e fugge, per poi cercare di convincere Odo a seguirlo nel suo viaggio di ritorno verso il mondo dei Fondatori. Odo lo lascia andare, ma non lo segue.

Luglio

Il Grande Nagus viene rapito dall'Alleanza klingon-cardassiana dell'Universo dello Specchio, che chiede come riscatto un dispositivo di occultamento, una tecnologia che in quell'universo non esiste. Dopo aver tentato inutilmente di procurarsene uno al mercato nero, Quark e Rom lo rubano dall'unica nave klingon presente su Deep Space 9, quella del Generale Martok. Dopo aver consegnato il dispositivo, e aver liberato il Nagus, tornano nel loro universo... e scampano alla giusta vendetta di Martok solo grazie all'intervento di Zek.
Il locale di Vic Fontaine finisce nelle mani di un boss mafioso di Philadelphia. Si tratta di una parte del programma, inserita da Felix per movimentare un po' la situazione, ma il locale perde il fascino che attirava lì, ogni sera, gli ufficiali di Deep Space 9. Uomini e donne al comando della Stazione architettano un piano per fare in modo che la banda mafiosa perda interesse nel locale e lo restituisca a Vic. Nog torna "in servizio" e si unisce al piano, che riesce e fa tornare il ritrovo di Vic alla sua accogliente forma precedente.
Luther Sloan torna su Deep Space 9 con una nuova missione della Sezione 31 per Bashir: partecipare ad una conferenza interalleata su Romulus e usare le sue doti da Potenziato per raccogliere quante più informazioni possibile sulla leadership dell'Impero e sulle loro intenzioni una volta finita la guerra. L'attenzione ella Sezione 31 si concentra in particolare su due soggetti: il Pretore Neral e Koval, Direttore della Tal Shiar e segretamente affetto dalla Sindrome di Tuval, una malattia neurodegenerativa e mortale. Bashir deve in particolare confermare questa diagnosi, perché Koval è il maggior oppositore dell'alleanza fra Federazione e Impero Stellare.
Koval partecipa alla conferenza di Bashir sul Ketracel Bianco, e il dottore può confermare a Sloan di aver riscontrato in lui i sintomi della malattia. Ma potrebbe avere un decorso lungo, di decenni... a meno che non venga "accelerata", cosa che Bashir sospetta essere la vera ragione della presenza di Sloan su Romulus.
Bashir rivela i suoi sospetti alla Senatrice Cretak, ma poco dopo viene arrestato e interrogato proprio dalla Tal Shiar. Poi è lo stesso Koval a portarlo davanti al Comitato di Continuità, il vero governo collegiale dell'Impero. Il Comitato condanna Bashir ad essere bandito dall'Impero, si riserva di decidere la sorte di Cretak e, inaspettatamente, accusa Sloan - anche lui in manette - di essere un mitomane (che ha inventato di sana pianta l'esistenza della Sezione 31) e di aver avuto l'intenzione di uccidere Koval. Sloan riesce a liberarsi ma viene ucciso dalle guardie romulane.
Durante il viaggio di ritorno Bashir parla con l'Ammiraglio Ross, poco convinto che uno come Sloan non avesse un piano di riserva e che sia stato davvero ucciso. Ross gli conferma che c'era all'opera un piano, anche se non ha idea se Sloan sia vivo o morto, e che questo piano era quello di dare l'impressione che Koval abbia salvato la vita al Pretore, garantendogli così un posto nel Comitato di Continuità da cui era stato escluso perché contrario all'alleanza. Solo che Koval non è affatto contrario: era una copertura per nascondere il fatto che il Direttore della Tal Shiar lavora, da più di un anno, per la Sezione 31, e si è rivelato una fonte inestimabile di informazioni utili alla sicurezza della Federazione. In più, era necessario screditare Cretak, perché la Senatrice stava segretamente lavorando ad un piano di pace separato fra l'Impero e il Dominio, che se formato avrebbe avuto effetti catastrofici sull'esito della guerra.
Al termine del loro discorso, Bashir accusa esplicitamente Ross di far parte della Sezione 31. L'Ammiraglio lo nega, ma ammette di sapere della loro esistenza e che la Flotta Stellare si serve di loro per i "lavori sporchi".
Quella notte, mentre dorme nel suo alloggio sulla Stazione, Bashir viene svegliato... da Sloan, che lo ringrazia per il suo contributo all'operazione.
Sisko mostra a Kasidy i suoi progetti per costruire una casa di campagna, in una splendida valle su Bajor, dove ritirarsi una volta finita la guerra. Ha anche deciso che si dedicherà alla produzione di uno speciale Vino Primavera bajoriano... e solo alla fine si ricorda di chiedere a Kasidy di sposarlo. La cerimonia per pochi intimi che i due hanno immaginato, però, si scontra con la realtà: lui è l'Emissario dei Profeti, il suo matrimonio è il principale argomento di conversazione sul pianeta e la tradizione prevede non meno di cinquantuno damigelle per la sposa.
L'ostacolo maggiore, però, non è l'importanza dell'evento, quanto il fatto che i Profeti si manifestano a Sisko e gli dicono che il suo futuro non prevede né Kasidy né nessun'altra al suo fianco, e che anzi un matrimonio gli porterà solo dolore e pene indicibili.
Il Rotarran rientra su Deep Space 9 gravemente danneggiato. In una battaglia con i Jem'Hadar la nave di Martok si è a stento salvata, ma quella comandata da Worf è andata distrutta. I superstiti del suo equipaggio non sanno nemmeno se ha fatto in tempo a salvarsi, e per i successivi tre giorni la Defiant cerca senza successo tracce di una capsula di salvataggio, per poi doversi fermare quando una flottiglia di dodici navi del Dominio si avvicina alla sua posizione.
Le navi non sono però interessate ad attaccare la Defiant: la loro missione è difendere un pianeta su cui i Son'a - una piccola potenza locale che controlla alcuni sistemi - hanno impiantato una fabbrica di Ketracel Bianco, contando sulla loro asserita "neutralità" per non venire attaccati dall'Alleanza. I Son'a, pochi e morenti, hanno ottenuto in cambio che il Dominio faccia ricerche genetiche per estendere la loro vita.
Le condizioni dei Mutaforma continuano a peggiorare e non riescono più a mantenere una forma solida. Questo permette all'Alleanza di scoprirli ed eliminarli. Sopravvivono solo Odo e la Fondatrice che si trova su Cardassia.
Dax riprende da sola le ricerche di Worf, torna nelle Badlands e riesce a trovare la capsula klingon. Durante il viaggio di ritorno verso Deep Space 9 il runabout su cui viaggiano viene attaccato e distrutto dai Jem'Hadar. Worf e Dax trovano rifugio sulla superficie di Goralis III, dove vengono catturati da un gruppo di Breen.
Dukat, fallito il piano di sostituire i Profeti con i Pah-Wraith, torna su Cardassia e si fa trasformare chirurgicamente in un Bajoriano, un contadino di Relliketh di nome Anjohl Tennan.

Agosto

La Kai si reca su Deep Space 9 per parlare con Sisko di come organizzare le nozze dell'Emissario, che naturalmente dovrà essere lei a celebrare. Poi Kai Winn ha, per la prima volta in vita sua, una visione dei Profeti che le annunciano che il Sisko ha vacillato e toccherà quindi a lei portare a termina la "Restaurazione". Avrà l'aiuto di una guida, un uomo che verrà da lei con il "sapere della terra".
Sisko parla con Kasidy della sua visione e di quello che i Profeti gli hanno predetto, aggiungendo che non è mai stato di buon auspicio ignorarli. Le annuncia quindi di aver deciso di rimandare il matrimonio. Quando Quark, ignaro del cambio dei piani, gli porta l'anello scelto per il matrimonio, Sisko cambia ancora una volta idea e decide di andare avanti: sposa quindi Kasidy davanti a pochi amici, facendo celebrare in fretta la cerimonia dall'Ammiraglio Ross.
La Kai si trova ancora sulla Stazione. Solbor, uno dei Ranjen che l'assistono, le presenta un uomo che ha urgenza di vederla. Quest'uomo si presenta usando le parole predette dai Profeti, parlando sia di "restaurazione" che di "conoscenza della terra". Kai Winn ne è colpita, e i due passano i successivi due giorni a parlare ininterrottamente.
Worf e Dax proseguono il loro viaggio, prigionieri dei Breen. La cosa lascia perplesso il Klingon: Federazione e Breen non sono in guerra, e i Breen di solito uccidono subito i loro prigionieri.
Il mistero si risolve quando la nave breen ne incontra una del Dominio, che trasporta la Fondatrice, Weyoun e Damar: i due prigionieri vengono ceduti da Thot Gor come augurio di buona conclusione di un negoziato iniziato molto tempo prima: l'entrata in guerra della Confederazione Breen a fianco del Dominio.
Data, temporaneamente assegnato ad una missione sul pianeta natale dei Ba'ku, scopre un complotto ordito dai Son'a con la complicità, non del tutto ignara, di alcuni ammiragli della Flotta Stellare. L'Enterprise interviene per chiarire la situazione, e gli ufficiali decidono di ammutinarsi all'ordine di allontanarsi e di svelare la situazione al Consiglio della Federazione. Lo scontro con i Son'a si risolve a favore di Picard e dei suoi ufficiali, che scoprono anche che Ba'ku e Son'a sono lo stesso popolo, dando l'avvio ad un processo di riappacificazione.
La Fondatrice e Thot Gor firmato il trattato che sancisce l'entrata in guerra della Confederazione Breen come alleata del Dominio. Nel trattato è contenuta una clausola che fa infuriare Damar: la promessa cessione di territori cardassiani ai Breen alla fine della guerra, cessione che secondo Weyoun dovrebbe essere più che compensata dall'acquisizione di sistemi che appartengono alla Federazione e agli Imperi Klingon e Romulano. Il problema è che a Damar non viene detto quali territori dovrà cedere, e che l'acquisizione sarà fatta dal Dominio e non specificamente da Cardassia.
Dopo il matrimonio Sisko torna a immergersi nelle necessità della guerra, mentre la vita di Kasidy come "moglie dell'Emissario" diventa più complicata: ogni giorno fuori dalla sua porta ci sono doni e file di Bajoriani che le chiedono consigli o una benedizione, e a breve dovrà tenere un'importante cerimonia - la tradizionale benedizione delle giovani donne che desiderano diventare madri - in bajoriano antico, lingua di cui non parla neanche una parola.
Mentre la Fondatrice e Thot Got trattano le condizioni di alleanza, i Klingon attaccano il sistema cardassiano di Septimus III. La guarnigione rischia di venir rapidamente sopraffatta, e Damar chiede a Weyoun di inviare rinforzi. Il Vorta promette l'invio di forze Jem'Hadar.
Al rientro della nave del Dominio su Cardassia, Weyoun visita Worf e Dax per annunciare loro che saranno pubblicamente giustiziati il giorno dopo. Commette però un passo falso: si avvicina troppo e Worf lo uccide spezzandogli il collo. Damar ferma i suoi soldati e si appresta a dare il benvenuto a clone numero otto.
Thot Gor e alcuni alti ufficiali breen entrano nel quartier generale del Dominio su Cardassia e iniziano a prendere visione di informazioni strategiche riservate. Weyoun comunica a Damar che d'ora in poi non si relazionerà più direttamente con la Fondatrice, ma solo tramite lo stesso Vorta o Thot Gor. Damar non prende bene la retrocessione di grado.
I Breen, nel frattempo, scoprono una debolezza strategica dell'Alleanza: i Romulani hanno lasciato sguarnito il fronte vicino al sistema Unroth, che una volta caduto nelle mani del Dominio permetterebbe di minacciare lo stesso Romulus.
Come previsto, i Klingon prendono il controllo di Septimus III, dopo aver eliminato mezzo milione di soldati cardassiani. Damar è furioso con Weyoun per non aver inviato rinforzi, come promesso, ma il Vorta risponde che quella era la volontà della Fondatrice, per far consumare risorse preziose ai Klingon.
Damar decide di iniziare a combattere contro il Dominio, invece che per loro. Libera Worf e Dax, gli fornisce i codici per superare le pattuglie di confine e gli affida la missione di avvisare l'Alleanza del suo cambio di campo e della sua necessità di aiuto per organizzare la rivolta.
I Breen entrano in guerra in modo spettacolare: attaccando direttamente la Terra. L'intera forza d'assalto viene alla fine distrutta, ma non prima di aver pesantemente bombardato San Francisco, Parigi e altre grandi città della capitale della Federazione e di aver gravemente danneggiato i cantieri navali di Marte.
Contemporaneamente all'attacco alla Terra, una massiccia flotta breen assalta il sistema Chin'toka. I Breen attendono che l'Alleanza concentri le sue navi per sferrare un attacco in forze, e le colpiscono con un sistema d'arma sconosciuto che le priva di colpo di ogni energia. Privi di scudi e armi, i vascelli alleati vengono fatti a pezzi. I pochi superstiti vengono risparmiati per ordine della Fondatrice, che vuole che i loro demoralizzati avversari spargano il terrore fra le proprie fila. Il Dominio riprende l'avanzata su tutti i fronti.

Sfruttando a fondo la propria superiorità, i Breen colpiscono numerosi obiettivi all'interno degli Imperi Klingon e Romulano.

Kai Winn, Solbor e Anjohl tornano su Bajor. La strada da seguire è liberare i Pah-Wraith dalla loro prigionia nelle Caverne di Fuoco, e per farlo la Kai deve leggere il Kosst Amojan, un antichissimo testo "maledetto"... Le cui pagine sono però completamente bianche. La Kai passa i giorni seguenti a leggere ogni testo e commentario sull'antico libro, per comprenderne il segreto.
Solbor, dopo aver fatto ricerche, le riferisce che Anjohl Tennan è un mistificatore, e che in realtà si tratta di Dukat. Quando la Kai non si mostra interessata alla verità il Ranjen minaccia di denunciarla per blasfemia all'Assemblea dei Vedek, e lei lo accoltella a morte. Il sangue di Solbor macchia una pagina del Kosst Amojan, che rivela il suo contenuto. La Kai riprende lo studio del testo.
Weyoun e la Fondatrice sono lontani da Cardassia, e Damar ne approfitta per dare inizio alla rivolta: ordina un attacco alle installazioni del Dominio su Rondac III (impianti di clonazione di Vorta e Jem'Hadar, di produzione di Bianco e cantieri navali) e pronuncia un discorso rivolto a tutti i Cardassiani, in cui li incita a resistere e a cacciare dal suolo patrio gli occupanti Breen e del Dominio.
Poi scompare in clandestinità. La Fondatrice ordina di trovarlo con qualsiasi mezzo e di eliminare chiunque faccia resistenza o sia sospettato di aver tradito il Dominio.
Dopo aver ascoltato il discorso di Damar, la Flotta Stellare decide di inviare aiuti, anche per guadagnare il tempo che serve agli ingegneri per trovare una contromisura all'arma breen.
L'Alleanza analizza gli eventi della Battaglia di Chin'toka. Tutte le navi sono state distrutte tranne una, uno Sparviero klingon il cui ingegnere prima dello scontro ha variato il rapporto fra il trizio (che i Klingon usano al posto del deuterio, utilizzato dalla Federazione) e l'anti-idrogeno. I Klingon stanno modificando tutte le loro navi, ma sono troppo pochi per opporsi con efficacia al Dominio e ai Breen.
Anche l'analisi dell'attacco cardassiano a Rondac III evidenzia un problema: le truppe di Damar sono troppo poche per poter affrontare i loro avversari in campo aperto, e dovrebbero invece usare tecniche di guerriglia che però non conoscono né hanno il tempo di imparare. La Flotta Stellare decide di inviargli dei consiglieri militari: Kira Nerys, Garak e Odo.
Garak, Odo e Kira arrivano su Cardassia, non prima però che la Bajoriana venga "arruolata" nella Flotta Stellare, sia per evitare un coinvolgimento diretto di Bajor che per evitare attriti con i Cardassiani. Mentre Kira istruisce Damar e i suoi collaboratori su come costruire cellule di resistenza, Garak e Odo scoprono un punto debole nello schieramento nemico: una base di rifornimento su Adarak Prime. Damar rifiuta inizialmente la proposta, perché la guarnigione è interamente cardassiana, ma viene poi convinto da Kira a non mostrare segni di debolezza che il Dominio potrebbe sfruttare contro di lui.
Gowron raggiunge Deep Space 9, decora Martok ma contemporaneamente lo solleva dal comando. Poi cambia la strategia: non più difesa del territorio alleato in attesa di scoprire come difendersi dall'arma breen, ma continue sortite in territorio nemico per tenerlo sbilanciato e impedirgli di concentrare le sue forze. Una decisione rischiosa, visto che Breen e Dominio hanno venti navi per ognuna dei Klingon.
Su Bajor la Kai continua lo studio del Kosst Amojan. Quando Dukat, non meno curioso e bramoso di potere di lei, apre in segreto il libro viene ricompensato con un lampo rosso che lo acceca. La Kai lo fa allontanare dal suo monastero... Promettendogli che lo riammetterà se e solo se i Pah-Wraith gli ridaranno la vista.
Su Deep Space 9 Bashir scopre che anche Odo è affetto dal virus morfogenico che sta uccidendo i Mutaforma del Dominio. Dopo essere riuscito - faticosamente - a ottenere copia delle cartelle cliniche degli esami fatti a Odo anni prima, esami che pure aveva eseguito lui stesso, scopre che sono state falsificate. Bashir sospetta lo zampino della Sezione 31, sospetto che diventa praticamente una certezza quando, verificando i tempi di sviluppo del virus, scopre che Odo non è stato infettato dal Grande Legame quando lo hanno trasformato in un Solido, ma è piuttosto vero il contrario: Odo è stato contagiato quando si trovava con Sisko sulla Terra, ed è stato lui a trasmettere involontariamente il virus ai suoi simili in quell'occasione. La buona notizia è che se il virus è stato creato artificialmente da Sloan e dai suoi complici, è probabile che esista un antidoto.

Settembre

Le ricerche di Bashir di una cura per il virus morfogenico non portano a niente. O'Brien gli suggerisce un piano alternativo: comunicare alla Flotta Stellare di aver trovato una cura, poi aspettare che la Sezione 31 mandi qualcuno a distruggere il lavoro. Poiché è probabile che mandino qualcuno in grado di capire se davvero la struttura del virus è stata decodificata, loro due dovranno catturarlo ed estorcergli il segreto... arrivando così alla vera cura.
Le tattiche di Gowron stanno costando un numero sproporzionato di perdite fra le forze klingon, e minacciano seriamente di portare alla sconfitta in guerra. Worf ha un piano - che Sisko approva senza neanche sentirlo, perché la priorità è fermare Gowron - che consiste nel far diventare Martok nuovo Cancelliere dell'Impero. Il problema è che Martok non vuole, perché essendo di origine popolare ritiene che l'Alto Consiglio non approverebbe mai la sua ascesa al potere. E poi sarebbe un atto disonorevole sfidare il proprio comandante solo perché sta perdendo, visto che non si è dimostrato né un traditore né un codardo in battaglia.
L'espandersi della ribellione di Damar fra le forze cardassiane inizia a preoccupare la Fondatrice, che ordina a Weyoun di usare scudi umani per difendere le installazioni strategiche del Dominio, eliminare la leadership culturale e politica che non sia più che certamente affidabile, cercare e uccidere la famiglia di Damar per spezzarne lo spirito. Ordina poi a Thot Pran, il nuovo leader di guerra dei Breen, di accelerare l'installazione dei loro dissipatori di energia sulle navi del Dominio.
Gowron pianifica l'ennesimo attacco insensato. Martok cerca di opporsi, ma accetta l'ordine quando il Cancelliere gli dà del codardo. Worf però non è più disposto a subire in silenzio, e sfida Gowron a duello, lo uccide ed eredita - in modo onorevole e tradizionale - la carica. Generali e membri dell'Alto Consiglio sono però poco propensi ad accettarlo nel ruolo, ma è lo stesso Worf a togliere tutti dall'imbarazzo sfilandosi il manto cerimoniale e mettendolo sulle spalle di Martok, che viene acclamato con calore.
La resistenza cardassiana - aiutata da Kira, Garak e un sempre più debilitato Odo - pianifica la prossima missione: rubare una nave Jem'Hadar equipaggiata con il dispositivo breen e portarla agli ingegneri della Flotta Stellare, perché possano studiare le contromisure. Grazie ad alcuni sotterfugi e alla inattesa complicità dei soldati cardassiani, che pur riconoscendo Damar non lo denunciano al Dominio o ai Breen, il gruppo di incursori raggiunge i cantieri navali di Kelvas V e raggiunge il proprio obiettivo: rubare la nave, per poi dirigersi verso Deep Space 9 e da lì verso la Federazione.
Durante la missione Damar viene raggiunto dalla notizia che i Jem'Hadar hanno trovato e sterminato la sua famiglia, fatto che invece di spezzarne lo spirito lo rende solo più risoluto nella sua lotta contro l'oppressore.
La nave rubata su Kelvas V raggiunge Deep Space 9, e O'Brien inizia subito dei test i cui risultati manda al Corpo Ingegneri della Flotta Stellare, sulla Terra. Kira, Garak e Damar ripartono subito per Cardassia, mentre Odo resta sulla Stazione: secondo Bashir non gli restano più di una o due settimane di vita, perché essendo stato infettato per primo sarà anche il primo a morire del virus morfogenico... seguito molto rapidamente dal resto del Grande Legame. Bashir spiega a Sisko il piano organizzato da lui e O'Brien, piano che prevede che l'informazione sul vaccino - se esiste - venga estratta dalla mente dell'operativo della Sezione 31 usando una (assolutamente illegale ma molto efficace) sonda mentale romulana.
Come previsto, è proprio Sloan a presentarsi a Bashir. Poiché non collabora, il dottore applica la sonda mentale romulana.. Solo per scoprire che Sloan ha a sua volta attivato un depolarizzatore neurale che lo ucciderà entro un'ora, cancellando ogni informazione dal suo cervello. Usando un'apparecchio che simula una fusione mentale vulcaniana, Bashir e O'Brien iniziano una "caccia al tesoro" nella mente di Sloan, che cerca di sviarli e dare loro false informazioni. Alla fine riescono nella missione, trovano la lista dei nucleotidi che compongono l'antidoto e lasciano la coscienza di Sloan appena in tempo.
Bashir sintetizza l'antidoto e lo somministra a Odo, che riprende la sua forma solida e un aspetto molto più sano di poche ore prima. Ora basteranno un paio di giorni di riposo per guarire.
Ora che la Federazione dispone di una cura, ha anche un'offerta da mettere sul tavolo delle trattative con il Dominio: la sopravvivenza del Grande Legame in cambio della fine della guerra. Dopo un lungo dibattito, però, il Consiglio della Federazione si dichiara d'accordo con l'approccio della Flotta Stellare (proposto, in origine, dalla Sezione 31): meglio lasciar morire tutti i Mutaforma e aspettare che il Dominio precipiti nel caos e si disgreghi. Questo non solo porrà fine alla guerra, ma libererà tutti i popoli soggiogati del Quadrante Gamma che altrimenti rimarrebbero schiavi del Dominio. Bashir, che non è d'accordo con la decisione, decide di condividere le sue informazioni con Odo: se e quando riuscirà a fondersi con un Mutaforma, potrà passare loro l'informazione e salvare il suo popolo.
Gli ingegneri della Flotta Stellare risolvono il mistero del funzionamento dell'arma breen, e iniziano ad equipaggiare tutte le navi della Flotta Stellare, klingon e romulane con un dispositivo che le protegge. Senza la loro superarma le navi breen sono adesso facile preda degli attacchi alleati, e con i Cardassiani sempre meno affidabili e una crescente scarsità di risorse - dovuta ai continui attacchi ai cantieri navali, agli impianti di clonazione dei Jem'Hadar e a quelli di produzione del Bianco - la Fondatrice è costretta a ordinare una ritirata strategica, portando ancora una volta le restanti forze del Dominio dietro i confini prebellici, fortificati, dell'Unione Cardassiana.

Approfittando della ritirata, non sempre ordinata, delle forze del Dominio, l'Alleanza inizia alcune controffensive.
Il primo obiettivo è il sistema Verdanis, da cui il Dominio continuava ad attaccare Bolarus IX. La vittoria spinge le forze nemiche nel sistema Daxura, a quattro anni luce dalla loro precedente posizione. Iniziano poi una serie di scontri, noti complessivamente come Battaglie del Settore Kalandra: viene liberato Shar'tala'veb, un protettorato della Federazione occupato all'inizio della guerra; poi viene distrutta la stazione fortificata cardassiana Bethra Nor, nel sistema Ducha'asa Vell; tocca poi ad altri sistemi, fra cui Trenatha e Cortule, prima che l'Alleanza spinga le forze del Dominio verso la pericolosa Nebulosa Violetta e le annienti.
L'Alleanza prosegue poi l'operazione di accerchiamento che ha lo scopo finale di liberare Betazed. Inizia la Battaglia dei Tre Soli: vengono colpite e distrutte le forze del Dominio e dei Breen nel sistema Zhamur, poi tocca a quelle che si erano rifugiate nel sistema Daxura dopo la Battaglia di Verdanis, e infine arriva un nuovo scontro nel sistema Chin'toka, e questa volta è l'Alleanza a compiere una carneficina ai danni del nemico che non si arrende.
Nel corso di queste battaglie il Dominio perde il 20% di tutte le sue forze, mentre l'Alleanza è adesso pronta e in posizione per liberare Betazed.
Grazie anche ad un'operazione di infiltrazione della USS Enterprise, al comando del Capitano Picard, che elimina in un solo colpo tutti i Jem'Hadar presenti sul pianeta, la liberazione di Betazed è molto più rapida e meno sanguinosa del previsto. Sul pianeta, però, la situazione è drammatica: il 10% della popolazione è stato ucciso da esecuzioni sommarie, lavori forzati, malnutrizione e mancanza di cure mediche.

Garak, Damar e Kira tornano su Cardassia. Hanno un importante appuntamento con alcuni Gul al comando di numerose truppe, ma uno di loro li ha traditi e venduti al Dominio. Anche se loro tre riescono a nascondersi a casa di Mila, la ex governante di Enabran Tain, la trasmissione di Weyoun dipinge un quadro fosco: tutti i gruppi organizzati della resistenza e le loro basi sono stati colpiti e distrutti dai Jem'Hadar. Weyoun presenta anche al popolo cardassiano il loro nuovo "leader", il Legato Broca.
Fra i Cardassiani, però, nessuno presta ascolto a Broca o alla propaganda del Dominio: in molti sono anzi convinti che Damar sia ancora vivo e vegeto e pronto per riprendere la lotta. Può darsi che la resistenza non abbia più una struttura o una guida formale, ma la popolazione sembra pronta a un'insurrezione generale.
Su Deep Space 9 Quark riceve una trasmissione, molto disturbata, dal Grande Nagus: lui e Ishka, la madre di Quark e Rom, si ritirano dagli affari. Zek intende però fermarsi sulla Stazione per nominare ufficialmente il suo successore, e anche se Quark non riesce a capire chi sarà, nella sua mente è lui l'unico Ferengi di valore sull'intera Stazione.
Nei giorni che passano prima dell'arrivo di Zek, Quark si gode la piaggeria di tutti quelli che gli rendono omaggio, primo fra tutti quel Brunt che lo ha sempre osteggiato e che ora tratta con lui per avere un posto nella nuova amministrazione dell'Alleanza Ferengi. Quando, dopo essersi accordati per una tangente spropositatamente elevata, Brunt gli chiede una ricevuta per dedurla dalla tasse, Quark pensa ad uno scherzo finché il suo interlocutore non gli rivela che le tasse su Ferenginar adesso esistono, introdotte da Zek per finanziare un fondo pubblico per indigenti, lavoratori sfruttati, anziani e malati. Quando Quark, infuriato, promette che rimetterà a posto le cose, Brunt rincara la dose: la parola del Grande Nagus non è più legge assoluta fra i Ferengi, ma ogni sua decisione dev'essere approvata da un Consiglio dei Consulenti Economici, che anche se non sono contenti di pagare tasse sul reddito hanno però adesso un potere he prima non avevano, cioè quello di opporsi a decisioni del Nagus che potrebbero danneggiarli. Ed è un diritto a cui non vogliono rinunciare.
Quark decide che deve tornare su Ferenginar per cambiare la disastrosa situazione, e vende il bar a suo fratello (che lo compra senza contrattare sul prezzo: idiota...). Ma le sorprese non sono finite: quando arriva sulla Stazione, Zek è stupito per l'acrimonia di Quark... visto che non è lui il prescelto come suo successore ma Rom, molto più in sintonia con la nuova Alleanza Ferengi.
Quark ricompra il "suo" bar dal fratello (che glielo rivende senza sovrapprezzo: idiota, appunto...) e dichiara che quello resterà l'ultimo avamposto della gloriosa tradizione di Ferenginar: avarizia, cupidigia, ricchezza smodata per i più capaci e sfruttamento per i meno dotati.
Sisko rientra nel suo alloggio al termine di una riunione strategica e trova sua moglie ancora sveglia. Kasidy gli annuncia di essere in attesa del loro primo figlio, ed è molto spaventata perché teme che la profezia dei Profeti sull'indicibile dolore di Sisko si riferisca proprio al loro bambino...

Ottobre

L'Alleanza raggruppa le sue forze e si prepara all'assalto finale a Cardassia, per far cadere il Dominio e terminare la guerra. Il Dominio viene a conoscenza dell'operazione e prepara la sua contromossa. Su Cardassia, intanto, si scopre che Damar è ancora vivo.
La resistenza prepara un piano di sabotaggio generale, non solo su Cardassia ma in tutto il territorio dell'Unione, da far scattare quando le due flotte arriveranno a scontrarsi, in modo da privare il Dominio di informazioni e della possibilità di dirigere lo scontro. Weyoun scopre una falla nel piano di battaglia del Dominio, ma non può avvisare i suoi comandanti sul campo perché scatta il sabotaggio che lo priva di energia e comunicazioni. Si scopre che la maggioranza dei sabotatori non sono militari ma civili cardassiani, e la Fondatrice ordina che sia la popolazione civile a pagare il prezzo del tradimento.

Le due flotte si scontrano nel sistema Gethar. Sulla carta le forze del Dominio sono il doppio di quelle Alleate, ma in realtà sia i Breen (che senza dissipatore sono facili prede del nemico) sia i Cardassiani evitano appena possibile di combattere, e da soli i Jem'Hadar non sono in numero sufficiente.

La vendetta del Dominio per il sabotaggio colpisce Cardassia. Non appena le comunicazioni vengono ripristinate Weyoun annuncia che, per ritorsione, la città di Lakaria - con i suoi due milioni di abitanti - è stata rasa al suolo. Promette anche nuove e peggiori ritorsioni nel caso si dovessero ripetere atti di ribellione, ma l'unico effetto che ottiene è convincere ancora più Cardassiani ad unirsi alla resistenza.
Garak, Damar e Kira vengono scoperti a casa di Mila. I Jem'Hadar ricevono l'ordine di fucilarli sul posto, ma vengono uccisi dai soldati cardassiani che li accompagnano, intenzionati a vendicare la strage di Lakaria e a unirsi alla lotta di liberazione.
Nonostante la sostanziale parità di forze, lo scontro nel sistema Gethar volge a favore del Dominio. Sisko vede la falla nello schieramento nemico (la stessa che aveva visto anche Weyoun) ma non può approfittarne perché non può liberare abbastanza navi. Poi avviene il miracolo: la trasmissione di Weyoun arriva alla flotta, e le navi cardassiane - intenzionate a vendicare la strage - rompono la formazione e iniziano a colpire alle spalle i loro ex alleati, distruggendone un gran numero.
Su Cardassia la Fondatrice emana due ordini. Il primo, per la seconda volta in pochi giorni, è di ripiegare e usare le navi superstiti per trasformare Cardassia in una fortezza. Il secondo è l'ordine ai Jem'Hadar, ovunque si trovino, di sterminare ogni singolo Cardassiano che trovano: soldati o civili, uomini o donne, vecchi o bambini.
Sulla Defiant, Sisko ha una nuova visione dei Profeti che lo lascia però alquanto perplesso. Su Bajor Dukat, che ha recuperato la vista, torna dalla ex Kai, che nel frattempo ha capito come liberare i Pah-Wraith dalle Caverne di Fuoco e ha bisogno del suo aiuto per attuare il piano. Nelle Caverne di Fuoco Winn Adami inizia a recitare alcune litanie, poi brucia le sue vesti cerimoniali da Kai e, infine, condivide un calice di vino con Dukat. Vino che ha avvelenato, perché il rito prevede un sacrificio umano... e non ha certo intenzione di essere lei a immolarsi.
L'ordine di ritirata della Fondatrice spiana la strada per Cardassia alle forze Alleate, a cui si sono uniti i Cardassiani. Flotta Stellare e Romulani vorrebbero semplicemente chiudere in una morsa il sistema e aspettare che il Dominio esaurisca la risorse, ma i Klingon sono irremovibili nel voler andare in battaglia e guadagnare onore o un accesso glorioso allo Sto'Vo'Kor. Il problema è che il sistema è difeso da migliaia di navi breen e Jem'Hadar, insieme a una moltitudine di piattaforme orbitali rese più letali dopo la lezione di Chin'toka. Dopo aver perso un terzo delle forze nella Battaglia di Gethar, gli analisti della Flotta Stellare stimano un altro 40% di perdite prima di riuscire a sbarcare. Poi bisognerà snidare Jem'Hadar e Breen dalle loro roccaforti... prospettiva che spaventa la Federazione ma galvanizza i Klingon.
Kira, Garak e Damar riescono a entrare nel Quartier Generale del Dominio su Cardassia, grazie alla scarsità di Jem'Hadar rimasti a presidiarlo. Mentre si fanno strada verso la sala comando ci sono però alcuni scontri, e in uno di questi Damar viene ucciso. Con la sua morte, e la fucilazione di Broca da parte dello stesso Dominio, la linea legale di potere su Cardassia si spezza per la prima volta dalla nascita dell'Unione.
Quando finalmente Kira e Garak irrompono nella sala comando trovano ad attenderli solo Weyoun e la Fondatrice. Mentre il Vorta tenta un'ultima resistenza e viene ucciso - estinguendo la linea dei cloni di Weyoun - la Mutaforma si rifiuta di dare l'ordine di resa alle sue truppe: oramai sta morendo, e vuole trascinare con sé quanti più Solidi possibile.
Kira gioca l'unica carta che l'Alleanza ha in mano. Chiama Odo, che si trasporta nella stanza e si unisce alla Fondatrice, guarendola dal virus morfogenico della Sezione 31. Il messaggio implicito è chiaro: poni fine alla guerra e sarà possibile raggiungere il Dominio e salvare il Grande Legame, continua a resistere e sarai la responsabile del genocidio del nostro popolo.
La Mutaforma non ha altra scelta: ordina a tutte le forze sotto il suo controllo di cessare immediatamente ogni lotta e di arrendersi al nemico. Accetta anche di restare prigioniera dei Solidi nel Quadrante Alpha e di venire processata per i crimini di guerra commessi dalle sue forze. Sarà quindi Odo a dover andare nel Gamma con la cura... lasciandosi dietro Kira.
Pian piano, mentre l'ordine della Fondatrice raggiunge le sue truppe, gli scontri su Cardassia si spengono. La superficie è devastata da distruzioni e incendi, il la ricostruzione che attende il pianeta sarà uno sforzo titanico. L'unico contento, per ora, è Garak: con la fine di ogni forma di governo organizzato, è venuta meno anche ogni autorità che possa tenerlo in esilio lontano da casa.. o da quello che ne è rimasto.
Un paio di giorni dopo, su Deep Space 9 viene firmato l'atto di resa ufficiale del Dominio. Vengono ristabiliti i confini prebellici, ma i Klingon si tengono i territori conquistati prima dell'arrivo del Dominio. La Federazione, nonostante le devastazioni subite, si impegna nella ricostruzione di Cardassia.
Al termine della cerimonia di firma Sisko lascia Deep Space 9 e raggiunge le Caverne di Fuoco su Bajor. Qui si scontra con un redivivo Dukat, che in realtà ospita uno dei Pah-Wraith, ed avrebbe la peggio se Winn Adami non avesse un improvviso ripensamento e minacciasse di distruggere il Kosst Amojan.
"Dukat" la punisce bruciandola viva, ma è il momento di distrazione di cui Sisko ha bisogno per gettarsi contro il suo avversario e far precipitare entrambi fra le fiamme.
Mentre il Pah-Wraith, con tutti i suoi simili, rimane intrappolato per sempre nelle Caverne di Fuoco - e con la distruzione del loro libro sacro non esiste più una chiave per liberarli - Sisko si ritrova nel Tempio Celeste, dove Sarah gli comunica che la sua missione come Emissario è terminata, ma anche che ora il suo posto è con loro, per sempre.
Gli ufficiali di Deep Space 9 cercano Sisko. Trovano facilmente il runabout, ma di lui non c'è alcuna traccia su tutto Bajor. È lo stesso Sisko ad apparire a Kasidy e spiegarle la situazione, rassicurandola su un suo ritorno. Quando è ancora soggetto ad interpretazione, visto come funziona il tempo nel Tempio Celeste, ma sicuramente tornerà.
Cambiamenti. Worf viene richiesto da Martok come nuovo ambasciatore della Federazione su Qo'noS; Odo torna nel Grande Legame, per guarirlo e per iniziare una lunga e faticosa fase di transizione verso un modello più simile alla Federazione; O'Brien diventa un docente di ingegneria all'Accademia della Flotta Stellare; Kira resta su Deep Space 9, come nuovo comandante; Bashir e Dax restano al loro posto, come medico e consigliere della Stazione; Nog, promosso Tenente, diventa il nuovo Capo Operazioni e Capo Ingegnere al posto di O'Brien; Quark resta a dirigere il suo bar, ultimo irriducibile bastione di resistenza contro i cambiamenti introdotti da Zek e portati avanti da suo fratello, il nuovo Grande Nagus Rom.
Deep Space 9 torna ad essere un hub del commercio interstellare, da cui passano sia le navi dirette nuovamente al Quadrante Gamma che quelle cariche di aiuti per Cardassia.
In data stellare 52902, come previsto dal Trattato di Bajor, cessano tutte le operazioni militari e finisce ufficialmente la Guerra del Dominio, iniziata in data stellare 50976.
Entro le successive ventisei ore tutte le forze del Dominio - esclusa la Fondatrice, arrestata dalla Federazione e in attesa di processo - attraversano il Tunnel Spaziale e tornano nel Gamma.
Al termine della guerra la Federazione conta 200 milioni di morti, 50 milioni fra Klingon e Romulani, più di 1 miliardo i Cardassiani, di cui 800 milioni solo nel genocidio operato da Breen e Jem'Hadar su Cardassia.

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