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Data sconosciuta
- Il sottufficiale boliano Zim Brott viene trasferito su Deep Space 9.
- La setta bajoriana Um'thara, pacifista e ultraortodossa, fonda la colonia di New Bajor su Kotha Tremali III, un pianeta di classe M in un sistema disabitato del Quadrante Gamma.
- Sul pianeta dei Borg, Data e Lore sottopongono La Forge a esperimenti, come parte del "progetto" di Lore di aiutare i suoi Borg a superare le loro limitazioni biologiche. Riker e Worf vengono catturati dai Borg, ma è una fazione guidata da Tugh e ostile ai grotteschi esperimenti di Lore. La nave Borg attacca la USS Enterprise, che però riesce a distruggerla sfruttando gli scudi metafasici inventati l'anno prima dal dottor Reyga. Picard riesce a resettare le subroutine etiche di Data, riattivandole. I droni di Tugh attaccano quelli fedeli a Lore, che tenta di fuggire ma viene catturato e smantellato dal fratello.
- La USS Enterprise ospita una missione diplomatica degli Iyariani: del tutto privi di emozioni, provocano alcuni ufficiali per studiare "sul campo" il piacere, l'antagonismo e l'intimità.
- Kira riceve da Quark un orecchino bajoriano che appartiene a Li Nalas, un eroe di guerra che i Cardassiani non hanno liberato dopo la fine dell'Occupazione. Kira e O'Brien liberano Li Nalas e una dozzina di altri Bajoriani da un campo di prigionia su Cardassia IV. Sulla Stazione, uno stanco e provato Li Nalas riceve il saluto della folla, convinta che lui sia l'unico in grado di stabilizzare una situazione politica in netto deterioramento. Li Nalas viene scoperto mentre tenta di lasciare di nascosto la Stazione, e racconta a Sisko come la sua fama sia frutto di un grosso equivoco e lui non sia affatto un eroe. Li Nalas torna su Bajor insieme al ministro Jaro Essa. Riceve l'omaggio di altre folle festanti e, dall'Assemblea dei Ministri, il titolo di Navarca, coniato apposta per lui. Il Navarca Li Nalas sarà il tramite ufficiale fra Bajor e la Federazione al posto di Kira, e risiederà sulla Stazione. Kira viene sollevata dall'incarico e torna su Bajor.
- Kira trova rifugio nel monastero di Vedek Bareil e ha accesso a un Cristallo dei Profeti, fatto che provoca un nuovo scontro con Vedek Winn. Su Bajor riprendono le violenze del Cerchio, un gruppo terrorista che vuole l'espulsione di tutti gli alieni, Federazione compresa, dal pianeta. Il governo di Bajor risponde alle crescenti violenze ordinando all'esercito di intervenire contro il Cerchio. Le operazioni vengono affidate al Generale Krim.
Sulla Stazione, Quark svela a Odo che il Cerchio possiede molte armi, che riceve attraverso i Kressari. Ulteriori indagini mostrano che dietro i Kressari ci sono i Cardassiani.
Su Bajor Kira viene rapita all'interno del monastero e portata al quartier generale del Cerchio. Qui scopre che a capo del movimento c'è il ministro Jaro Essa. Kira viene liberata, e il piano si chiarisce: usare le armi per far cadere il governo, installarne uno nuovo nazionalista e allontanare tutti gli alieni da Bajor. Le informazioni di Odo raccontano che anche i Cardassiani hanno un piano: approfittare del colpo di stato per riprendere il controllo di Bajor e del Tunnel Spaziale. Li Nalas tenta di avvisare la popolazione di Bajor del pericolo, ma il golpe è già iniziato. Due navi da guerra di Bajor ordinano a tutti i non Bajoriani di lasciare Deep Space 9. Dopo l'evacuazione del quartier generale del Cerchio, che è stato scoperto, Jaro Essa ha stretto un patto con Vedek Winn: appoggio al golpe in cambio dell'elezione a Kai.
La Flotta Stellare ordina a Sisko di lasciare la Stazione: quanto accade è un affare interno di Bajor, su cui la Federazione non ha giurisdizione. Sisko e i suoi decidono però di restare. - Li Nalas escogita un piano per informare i Ministri del coinvolgimento cardassiano: usare vecchie navi nascoste su Jeraddo. Kira e Dax partono per la missione. Forze della milizia bajoriana, al comando del Generale Krim, invadono la Stazione per arrestare gli alieni, ma si trovano di fronte a una guerriglia preparata a riceverli. Kira e Dax raggiungono Bajor e, con l'aiuto di Vedek Bareil, presentano ai Ministri le prove del coinvolgimento cardassiano. Vedek Winn abbandona Jaro Essa e il golpe fallisce.
Sulla Stazione Krim riceve l'ordina di tornare su Bajor, ma il suo vice si rifiuta e decide di sparare a Sisko. Il colpo raggiunge però Li Nalas, che muore. - Gli ufficiali della USS Enterprise, su Dessica II alla ricerca dello scomparso Capitano Picard, scoprono che è stato ucciso da un gruppo di pirati che gira in zona da sei mesi. Un Yridiano, presente sulla scena al momento della morte di Picard, indirizza gli ufficiali della USS Enterprise verso la successiva destinazione dei pirati: Barradas III. Su Barradas III, ricco di rovine dei Debrune, una squadra della USS Enterprise viene attaccata dai pirati, che rapiscono il Primo Ufficiale. Il comando della nave passa a Data. A bordo della Fortune, la nave pirata, Riker scopre che Picard è ancora vivo, sotto le mentite spoglie di Richard Galen. I pirati attaccano Calder II per appropriarsi di altri manufatti debrune, un gruppo staccatosi dai Romulani durante il loro esodo da Vulcano al Tempo del Risveglio. Su Calder II la USS Enterprise scopre che Picard è vivo a bordo della Fortune, e decifra un messaggio di Riker: intercettare un corriere klingon nel Settore Hyralan.
- Sulla Fortune, Picard scopre due cose: uno dei manufatti debrune è positivo al terikon, e i manufatti stessi sono dell'antico Vulcano, non romulani o debrune. L'informazione inviata da Riker viene scoperta da Tallera, una pirata romulana che è in realtà T'Paal, un'agente della V'Shar (la sicurezza vulcaniana). Tallera spiega la missione: i pirati cercano di ricostruire la mitologica Pietra di Gol - un'arma psionica - da rivendere al VIM, il Movimento Isolazionista Vulcaniano. Lei deve impedirlo. Nel Settore Hyralan, la USS Enterprise intercetta Koral, il corriere klingon che trasporta un pezzo dell'arma. La Fortune abborda la USS Enterprise e "Galen" ruba il pezzo portato da Koral. Riker viene "ucciso" da Galen, e riprende il comando. Galen guida un ammutinamento e prende il comando della Fortune, poi decide di andare su Vulcano per completare l'arma e consegnarla alle legittime autorità. Vulcano, intanto, informa la USS Enterprise di non avere in corso alcuna operazione contro il VIM, e che T'Paal non risulta una loro agente ma un'affiliata al VIM. Su Vulcano, Picard finisce di assemblare l'arma, che T'Paal usa contro altri pirati. Picard capisce come renderla inoffensiva e arresta la donna. L'arma viene distrutta.
- Arriva su Deep Space 9 un Bajoriano con il figlio, uno degli orfani cardassiani lasciati sul pianeta. Anche il padre cardassiano, che lo credeva morto, lo reclama, e Sisko decide a suo favore.
- Verad, un Trill scartato per l'Unione, arriva su Deep Space 9 e decide di Unirsi a Dax a costo di uccidere Jadzia. Gli ufficiali della Stazione riescono però a fermarlo prima che sia troppo tardi.
- La USS Hera scompare, cinque giorni dopo aver lasciato Deep Space 3. In precedenza, aveva attraversato il Sistema Marijne.
- La USS Enterprise riceve una chiamata di soccorso dalla USS Raman, che stava esplorando il pianeta gassoso Marijne VII. La Forge testa una nuova sonda remota con bio-feedback e crede che la USS Hera, comandata dalla madre Silva, sia rimasta intrappolata negli strati profondi del gigante gassoso. L'immagine della madre si rivela uno stratagemma di una specie senziente che abita gli strati profondi del pianeta, ed è stata trascinata verso l'alto dalla USS Raman con effetti letali. La USS Raman viene fatta scendere nelle profondità di Marijne VII, salvando gli alieni intrappolati. La Flotta Stellare, dopo una settimana, interrompe le ricerche della USS Hera.
- Dopo aver sostituito il nucleo a curvatura alla Base Stellare 84, la USS Enterprise rimane vittima di una contaminazione interfasica potenzialmente letale per l'equipaggio. Si libera grazie a Data.
- A bordo della USS Enterprise, una missione diplomatica dei Cairn è involontaria responsabile del riemergere di un antico e doloroso ricordo dalla memoria di Lwaxana Troi.
- Il Grande Nagus nomina Quark responsabile delle trattative commerciali nel Gamma. Quark incontra i Dosi, e da loro apprende dei Karemma, una razza legata a un misterioso "Dominio".
- Vaatrik, una vecchia conoscenza di Quark, gli chiede di recuperare una lista di nomi nel suo vecchio negozio su Deep Space 9. Si rivela una lista di collaborazionisti, che Vaatrik ricatta o uccide.
- La SS Fleming, un trasporto medico della Federazione, scompare all'interno del Corridoio Hekariano. La Flotta Stellare sospetta un atto di pirateria ferengi.
- Arriva su Deep Space 9 Melora Pazlar, la prima Elaysiana nella Flotta, originaria di un pianeta quasi privo di gravità.
- La USS Enterprise arriva su Kesprytt, per valutare l'ammissione dei soli Kes alla Federazione. I Prytt sono xenofobi e paranoici e non vogliono alcun contatto con esterni alla loro nazione. Picard e Crusher vengono rapiti dai Prytt con l'accusa di cospirazione con i loro nemici, ma con l'aiuto di agenti dei Kes infiltrati riescono a scappare. Durante la fuga, i Kes si dimostrano non meno xenofobi e paranoici dei Prytt, e la loro domanda di ammissione alla Federazione viene respinta.
- Due giovani scienziati di Hekaras II, Rabal e Serova, dimostrano alla USS Enterprise che il continuo transito di navi a curvatura nel Corridoio Hekariano lo destabilizza. Il Corridoio Hekariano è l'unica rotta sicura per raggiungere Hekaras II, membro della Federazione, in una zona ricca di sacche subspaziali instabili. La Federazione aveva respinto la teoria come priva di basi scientifiche, ma Rabal e Serova riescono a dimostrarne la validità. La Flotta Stellare emana un Ordine Generale che limita, nelle zone che contengono instabilità subspaziali, la velocità massima a Curvatura 5, in attesa di trovare una soluzione.
- Deep Space 9 ospita Gideon Seyetik, uno scienziato esperto di terraformazione, che vuole ridare vita a una stella per poi terraformare i suoi pianeti. Ci riesce, ma a prezzo della sua vita.
- Dal Gamma arrivano gli Skreeani, una razza in fuga da ottocento anni di schiavitù. Vorrebbero insediarsi su Bajor, ma il governo rifiuta. Viene trovato un altro pianeta, ma resta del risentimento.
- Il Tenente Worf, della USS Enterprise, inizia a saltare attraverso varie realtà quantiche, finché tutti i Worf riattraversano contemporaneamente una fessura spaziale e tornano nelle loro realtà.
- Mentre aiuta Atrea IV a "riavviare" il proprio nucleo che si sta raffreddando, la USS Enterprise ospita a bordo Juliana Tainer, ex moglie di Noonien Soong e "madre" di Data. Lavorando al suo fianco, Data scopre che Juliana non è umana, ma un androide costruito da Soong quando lui e la moglie sono scappati da Omicron Theta III. Data legge un messaggio di Soong contenuto in un chip nascosto nel corpo di Juliana: nel 2338 lei non è sopravvissuta all'attacco dell'Entità Cristallina alla colonia. Su Terlina III, Soong ne ha travasato ricordi e personalità in un nuovo corpo. Juliana non sa di essere un androide, e Data decide di non rivelarle la verità.
- Nikolai Rozhenko, fratellastro di Worf, viola la Prima Direttiva aiutando un gruppo di Boraaliani a raggiungere un nuovo pianeta, quando Boraal II diventa inabitabile.
- Su Deep Space 9 uno strano apparecchio in grado di alterare - dapprima a favore, poi in senso contrario - la probabilità di ogni evento inizia a creare danni, e dev'essere distrutto.
- Nel sistema Devolin i Romulani trovano tracce della USS Pegasus, una nave usata dalla Flotta Stellare per testare nuove tecnologie che si credeva distrutta nel 2358. La USS Enterprise viene incaricata delle indagini, e scopre che allora la Pegasus era impegnata a testare una forma di occultamento interfasico vietato dal Trattato di Algeron del 2311.
- Arriva su Deep Space 9 Mora Pol, lo scienziato bajoriano che per primo ha "risvegliato" Odo. La presenza del suo vecchio e detestato mentore ha un effetto negativo sull'inconscio di Odo.
- Su Caldos II la dottoressa Crusher rimane vittima di una forma di vita anafasica, che da secoli sfrutta le donne della sua famiglia per sopravvivere. Riesce a liberarsi e a ucciderla.
- Kang riceve da una delle ex mogli dell'Albino un amuleto, che contiene le coordinate del suo rifugio su Secarus IV.
- Dopo mesi di trattative i Ferengi e i Karemma raggiungono un accordo commerciale. Ma ben più preziose sono le informazioni, molto ambite nell'Alpha, che Zek inizia a raccogliere sul Dominio.
- L'accordo di pace fra T'Lani e Kellerani, dopo secoli di guerra, prevede la distruzione di una terribile arma biogenica... e che venga ucciso chiunque ne sia a conoscenza, anche Bashir e O'Brien.
- Sito Jaxa, una Bajoriana fresca d'Accademia (in cui è stata compagna di Wesley Crusher), viene scelta per una missione d'infiltrazione oltre il confine cardassiano, in cui rimane uccisa.
- Miles O'Brien viene sostituito da un clone, che ha tutti i suoi ricordi, per far fallire una conferenza di pace nel Sistema Parada.
- Sisko e O'Brien scoprono una colonia umana retta con pugno di ferro da Alixus. Nessun apparecchio sembra funzionare nella colonia, finché O'Brien non scopre un campo duonetico artificiale che li blocca e lo disattiva. Alixus e suo figlio vengono arrestati, mentre gli altri coloni decidono di restare sul pianeta.
- Dax e Odo trovano, su Yadera II, un villaggio in cui la gente sembra scomparire. Scoprono che si tratta di una simulazione olografica che si sta guastando, e la riparano.
- Data viene inviato su Barkon IV, un pianeta protetto dalla Prima Direttiva, per recuperare i frammenti radioattivi di una sonda precipitata, ma perde la memoria. Data raggiunge un villaggio rurale e vende il metallo radioattivo - di cui non ricorda più la pericolosità - al fabbro, che ne fa monili e gioielli avvelenando così tutti il paese. Data trova una cura per l'avvelenamento da radiazioni, ma gli abitanti lo accusano di essere un untore e lo uccidono, seppellendolo in un bosco fuori dal villaggio. Gli ufficiali della USS Enterprise raggiungono Barkon IV, recuperano Data e lo riattivano.
- Deanna Troi supera gli esami per diventare Comandante.
- La USS Enterprise trova, nascosto dentro una cometa vecchia di ottantasette milioni di anni, l'antico archivio della civiltà D'Arsay.
- Un delitto accaduto sulla USS Enterprise al tempo della sua costruzione ha lasciato tracce psichiche che portano al suicidio un giovane guardiamarina e quasi uccidono il Consigliere Troi.
- Un mix di influenza irudeliana e cellule T sintetiche scatena, a bordo della USS Enterprise, una regressione intronica che inverte di milioni di anni l'evoluzione di ogni forma di vita a bordo. Solo Data, essendo artificiale, risulta immune, e riesce a sviluppare una cura che riporta ogni persona e animale al suo stadio evolutivo "normale".
- Su Deep Space 9 Dax deve valutare un candidato trill all'Unione. Jadzia scopre di avere ereditato la leggendaria durezza di Dax, e decide che dopotutto ha un senso.
- Su Deep Space 9 Quark ospita una sua vecchia fiamma cardassiana, Natima Lang, e due suoi studenti che sono ricercati per sedizione. Quark li aiuta a scappare... senza profitto.
- Viene firmato il trattato di pace fra la Federazione e l'Unione Cardassiana. Viene creata una Zona Smilitarizzata e vengono rettificati i confini, per cui alcuni pianeti "cambiano bandiera".
- I Nativi Americani che abitano Dorvan V si rifiutano di lasciare il loro pianeta, e restano a vivere sotto l'autorità cardassiana.
Wesley Crusher, presente su Dorvan V come ospite della USS Enterprise, abbandona i suoi studi all'Accademia e inizia il percorso per diventare un Viaggiatore. - Alexander, figlio di Worf, torna indietro nel tempo per cambiare la propria infanzia e impedire che, per causa sua, il padre venga ucciso quarant'anni nel futuro.
- "Pomeriggio klingon" - così lo chiama Odo - su Deep Space 9, dove si incontrano Dax, Kor, Koloth e Kang, che hanno finalmente scoperto dove si nasconde l'Albino e vogliono chiudere i conti. I quattro riescono a penetrare nella fortezza del loro avversario su Secarus IV, e dopo un'aspra battaglia Kang uccide l'Albino. Per le ferite riportate nello scontro muoiono però sia Kang che Koloth.
- Il cargo cardassiano Bok'Nor approda su Deep Space 9 per consegnare del materiale richiesto da O'Brien. Appena dopo la ripartenza dalla Stazione la nave esplode per un sabotaggio.
Sisko parla con Calvin Hudson, suo compagno all'Accademia e responsabile della Flotta Stellare per le colonie della Federazione: la situazione nella Zona Smilitarizzata è esplosiva, con violenze da ambo le parti.
Gul Dukat richiede a Sisko una missione congiunta nelle Colonie Volon: né Calvin Hudson né Gul Evek sembrano in grado di gestire la situazione, ma Cardassia non vuole una nuova guerra.
In rotta verso le Colonie Volon, Sisko e Dukat assistono a una battaglia fra navi "civili" federali e cardassiane, che sono però pesantemente - e illegalmente - armate.
Su Volon II Gul Evek accusa la Federazione di aver distrutto la Bok'Nor, mentre Hudson accusa i Cardassiani di non impedire violenze contro i civili e la tensione, invece di diminuire, continua a salire. Sisko e Dukat tornano sulla Stazione, sulla quale nella notte Dukat viene rapito da un gruppo di cittadini della Federazione che si fanno chiamare Maquis.
Sisko insegue la nave dei rapitori con un runabout e la raggiunge nelle Badlands, per scoprire che a capo dei Maquis c'è proprio il suo vecchio amico Calvin Hudson.
Tornato sulla Stazione, Sisko incontra l'Ammiraglio Nechayev: dopo la Bok'Nor e il rapimento di Dukat, Cardassia è in tensione e si rischia una nuova guerra... che a Federazione non è certo ansiosa di combattere.
Sisko e Odo "torchiano" Quark, che ha trattato la vendita di armi ai Maquis, e scoprono che effettivamente i terroristi hanno un arsenale molto nutrito... e fretta di usarlo.
Il Legato Parn, di Cardassia, raggiunge Deep Space 9 per parlare con Sisko e comunicargli che Cardassia non è interessata né a una guerra né alla sorte di Dukat, e tutto sommato neppure ai Maquis.
O'Brien restringe a cinque pianeti il luogo dove Dukat può essere prigioniero, e Sisko lo libera poco prima che i Maquis - non ottenendo informazioni - decidano di giustiziarlo. Sisko riferisce a Dukat del colloquio con Parn, e Dukat propone un accordo che gli salverà la faccia e la vita: se Sisko ferma i Maquis lui fermerà il flusso di armi verso le colonie cardassiane.
Dukat informa Sisko che le armi vengono contrabbandate usando gli Xepoliti. Un loro cargo viene intercettato e ha davvero le stive piene di armi.
Dukat ha tenuto fede al patto, e ora tocca a Sisko: raggiunge Volon III per fermare i Maquis, ma la squadra diretta ad attaccare e devastare la colonia cardassiana di Bryma è già partita, ed è sotto silenzio radio. Sisko usa i suoi runabout per intercettare i Maquis e ne nasce una battaglia: una nave maquis viene distrutta ma l'altra, con a bordo Hudson, riesce a fuggire. - Daimon Bok, il padre del Ferengi ucciso a Maxia Zeta, minaccia Picard di uccidere suo figlio, Jason Vigo. Crusher scopre che Jason non è figlio di Picard, ma un complice del piano di Bok.
- Garak sta molto male, e mentre Bashir cerca un modo per curarlo il Cardassiano gli racconta della sua vita prima di Terok Nor. Tre versioni, tutte diverse e tutte incredibili...
- La USS Enterprise sembra sviluppare una coscienza autonoma, ma si tratta di una forma di vita aliena che la dirotta verso fonti di energia vertion, di cui si nutre e di cui ha bisogno per completare la propria metamorfosi. Alla fine del processo l'Enterprise torna sotto il pieno controllo dei suoi ufficiali.
- Di ritorno da New Bajor, nel Gamma, Kira e Bashir finiscono nell'Universo dello Specchio, dominato - dopo la caduta dell'Impero Terrestre - da un'alleanza fra Cardassiani e Klingon.
- I Maquis attaccano e depredano un cargo boliano che stava trasportando dispositivi di lancio per siluri fotonici.
- Settimana decisiva per Bajor, che deve eleggere il successore di Kai Opaka. Il favorito sembra essere Vedek Bareil, ma anche Vedek Winn ha delle possibilità.
Su Deep Space 9 un Bajoriano riconosce Kubus Oak, che era stato a capo del governo collaborazionista durante l'Occupazione. Odo lo arresta. Vedek Winn sale sulla Stazione: cerca una riconciliazione con l'Emissario, in vista dell'elezione, ma soprattutto offre asilo nel suo monastero a Kubus Oak, causando proteste. Facendo indagini, Odo e Kira scoprono che Winn ha parlato con Kubus e ha ottenuto informazioni su Prylar Bek, che teneva i contatti fra i Vedek e i Cardassiani. Kira parla con Winn e scopre che è stato proprio Bek a dare ai Cardassiani le informazioni che hanno portato alla morte del figlio di Kai Opaka. All'epoca dei fatti - che hanno portato all'insurrezione generale e alla liberazione di Bajor - il superiore diretto di Prylar Bek era Vedek Bareil.
Il Governo Provvisorio ha dato l'amnistia a Kubus in cambio di questa informazione, perché non vuole che il prossimo Kai abbia un passato da collaborazionista. Dopo la morte del figlio di Opaka, Bek si è ucciso: secondo Kubus dopo aver litigato con Bareil, secondo Bareil per aver involontariamente aiutato i Cardassiani nel loro crimine.
Kira e Odo cercano le comunicazioni dell'epoca negli archivi dei Vedek, ma sono criptate. Con l'aiuto di Quark accedono ai file, ma sono stati cancellati. O'Brien lavora sui file, cancellati in fretta e quindi malamente, e scopre chi lo ha fatto: Vedek Bareil. Tutti gli indizi puntano su Bareil, che ammette di aver dato a Bek le informazioni che ha passato ai Cardassiani: l'alternativa era il figlio della Kai o tutti gli abitanti di Kendra.
Vedek Bareil si ritira dalla corsa a Kai, spianando la strada a Vedek Winn. Kira ha però un dubbio: quando i Cardassiani hanno ucciso il figlio della Kai, Bareil era in ritiro da una settimana e non ci sono state comunicazioni con l'esterno del monastero. Chi sta proteggendo Bareil? L'unica possibile risposta è Kai Opaka, che ha sacrificato il suo unico figlio per proteggere gli abitanti di Kendra e causare la rivolta che ha liberato Bajor. Nonostante le nuove prove che Bareil sia innocente, Winn Adami viene eletta nuova Kai di Bajor. - I Cardassiani distruggono un cargo che, secondo loro, trasporta armi per i Maquis, la resistenza che si oppone al cambio di sovranità di alcuni pianeti. I Maquis replicano attaccando una nave da guerra cardassiana, e l'Unione minaccia la ripresa della guerra se la Federazione non interviene per fermare i suoi cittadini. La Flotta Stellare decide di usare Ro Laren, Bajoriana e con trascorsi di problemi disciplinari, per infiltrare i Maquis, ma dopo qualche giorno sotto copertura si unisce a loro.
- Miles O'Brien parte con la moglie per una vacanza. Poco dopo viene intercettato da una nave cardassiana e arrestato con l'accusa di aver fornito armi ai Maquis. Senza che gli vengano comunicate le accuse, la Prima Arconte e il difensore di O'Brien gli dicono che la sua colpa è evidente e che è già stato giudicato e condannato a morte.
Gli ufficiali di Deep Space 9 iniziano loro indagini, e scoprono che dall'armeria della Stazione mancano due dozzine di testate di siluri fotonici. I registri mostrano l'accesso di O'Brien, ma Sisko non è convinto dalle "prove": O'Brien era appena partito - i Cardassiani come lo sapevano? - e sul suo runabout non c'era traccia delle testate. Nuove indagini mostrano che l'impronta vocale di O'Brien per accedere all'armeria è stata falsificata, e che sulla Stazione era ed è ancora presente un Maquis, Raymond Boone, che ha combattuto con O'Brien nella Guerra Cardassiana.
Su Cardassia inizia il processo a O'Brien, con schermaglie procedurali e Odo che domanda quale sia l'interesse di Cardassia in una vicenda interna fra la Federazione e i Maquis. Su Deep Space 9 Bashir riceve una visita misteriosa: le testate non sono state rubate dai Maquis e Boone non ne fa parte. Anzi, forse non è nemmeno Boone...
Mentre la stessa Arconte interroga O'Brien, entrano in aula Sisko e Boone. L'Arconte cambia subito tono e, in nome della ritrovata pace, libera O'Brien affidandolo a Sisko. Sisko spiega a O'Brien cosa è successo: il vero Boone è morto in prigionia, sostituito da un Cardassiano alterato chirurgicamente. O'Brien è stato liberato per evitare uno scandalo. - Sisko, Jake, il suo amico Nog e Quark lasciano Deep Space 9 per una gita di qualche giorno nel Gamma. La sera, mentre Jake e Nog sono lontani a raccogliere legna, Sisko e Quark vengono raggiunti da una giovane donna in fuga, poi da quattro umanoidi che li catturano. Sisko e Quark si svegliano prigionieri in una grotta. La ragazza dice di chiamarsi Eris, ed è una degli scampati all'invasione del Dominio del suo pianeta. Eris ha al collo un collare, messole dai soldati del Dominio - che si chiamano Jem'Hadar - per impedirle di usare i suoi potere telecinetici e liberarsi.
Il capo dei Jem'Hadar dimostra a Sisko di conoscere bene la Federazione, i Klingon, i Cardassiani e ciò che succede nel Quadrante Alpha. Sono prigionieri per volontà dei Fondatori, i misteriosi, inaccessibili e imperscrutabili capi del Dominio, e hanno catturato Sisko per avere informazioni dettagliate sulla Flotta Stellare.
Mentre Jake e Nog risalgono sul runabout e cercano un modo per tornare sulla Stazione a chiedere aiuto, una nave lascia il pianeta e si dirige al Tunnel Spaziale. La nave aliena raggiunge Deep Space 9, e un Jem'Hadar comunica a Kira che Sisko è prigioniero. Poi consegna una lista di navi distrutte per essere entrate nel Dominio. La USS Odyssey e i runabout di Deep Space 9 partono in missione di soccorso. Sul pianeta Sisko, Quark ed Eris riescono a fuggire dalla prigionia. La squadra di soccorso viene intercettata da navi Jem'Hadar, che si rivelano un avversario molto potente: un attacco suicida distrugge la Odyssey, mentre i runabout vengono lasciati scappare.
Quark mostra a Sisko il collare che ha tolto ad Eris: non contiene alcun sistema per smorzare la sua telecinesi. Eris era quindi chiaramente in combutta con i Jem'Hadar. Sisko affronta Eris accusandola di essere uno dei misteriosi "Fondatori" ma la ragazza - dopo aver ripetuto le minacce pronunciate dai Jem'Hadar - scompare dalla Stazione. - Q torna da Picard per comunicargli che il processo, iniziato durante la Missione Farpoint, si è concluso: il Continuum dei Q ha deciso di eliminare l'umanità perché indegna. Q, però, aiuta Picard a trovare una scappatoia, facendolo viaggiare attraverso tre epoche temporali e permettendogli di evitare lo sterminio.
