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Gennaio
- Dopo una settimana, la guerra fra Federazione e Impero Klingon è già in fase di stallo. La Flotta Stellare ordina a Sisko, Worf, O'Brien e Odo di smascherare il Mutaforma al posto di Gowron.
L'occasione è il conferimento dell'Ordine della Bat'leth, un'onorificenza molto ambita, ma bisogna arrivare su Ty'Gokor, un asteroide ben difeso nelle profondità dell'Impero.
Per smascherare il Mutaforma la Divisione Scientifica della Flotta ha messo a punto un dispositivo, che però non è mai stato testato ed è mortale anche per le forme di vita solide. Per avvicinarsi a Ty'Gokor, Sisko chiede l'aiuto di Dukat e del suo Sparviero, e nomi fasulli per tutti e quattro gli ufficiali vengono inseriti nel database dell'Ordine della Bat'leth. Durante la cerimonia Sisko e i suoi vengono smascherati e imprigionati da Martok che, informato del loro sospetto che Gowron sia un Mutaforma, si dice d'accordo con loro e li libera. In un duello all'ultimo sangue Worf sta per uccidere Gowron, ma viene fermato da Odo: ha scoperto che il vero Mutaforma è Martok, che viene ucciso dai guerrieri presenti. Scoperto il piano del Dominio, Gowron non può però concedere la pace alla Federazione senza qualcosa in cambio. Accetta comunque un cessate il fuoco e la sospensione delle ostilità. - In missione su Torga IV, un pianeta del Gamma, per valutare le sue risorse di cormalina, ufficiali di Deep Space 9 assistono allo schianto di una nave del Dominio. Dopo aver ispezionato la nave e aver deciso di portarla sulla Stazione per ulteriori studi, Sisko e i suoi ufficiali sono interrotti dall'arrivo di un'altra nave del Dominio. Una squadra di Jem'Hadar si trasporta sulla superficie, ma anche se attaccano non entrano nella nave in cui si sono rifugiati gli ufficiali della Flotta Stellare. Sisko sospetta che sulla nave ci sia un Mutaforma ferito, sospetto rafforzato quando la Vorta Kilana propone di lasciarli andare in cambio della nave e del suo contenuto. Il Mutaforma muore per le ferite riportate. I Jem'Hadar si suicidano, e Kilana raccoglie i resti del Fondatore per riportarli nel Dominio. Arriva la Defiant, che rimorchia la nave nemica su Deep Space 9.
- Su Deep Space 9 Quark riceve la visita di Grilka, che vuole ringraziarlo per aver reso il suo Casato di nuovo ricco, potente e onorevole. I due, Klingon e Ferengi, riprendono la loro relazione. Worf si innamora a prima vista di Grilka, ma il suo gin'tak Tumek lo blocca: lei è a capo di un Casato onorevole, lui è disonorato e bandito dall'Impero. Thopok, il capo della sicurezza di Grilka, si sente disonorato dal rapporto fra Grilka e Quark e sfida a duello il Ferengi. Worf lo aiuta e Quark inaspettatamente vince. Grilka caccia Thopok. Grilka e Quark "festeggiano", e la loro passione è tale che anche Worf e Jadzia si lasciano andare a focosi amplessi. Bashir deve poi sistemare parecchie ossa rotte e legamenti strappati.
- Non dappertutto la tregua fra Klingon e Federazione tiene: su Ajilon Prime le forze dell'Impero hanno invaso la colonia federale e distrutto alcuni insediamenti. Bashir e Jake Sisko rispondono a una chiamata d'emergenza dal pianeta. Le forze federali sono scarse e la USS Farragut viene distrutta in un'imboscata. Bashir raggiunge un ospedale. I Klingon hanno conquistato il Settore Archanis, ma perso la roccaforte di Ganalda IV: i guerrieri combattono per ripristinare l'onore usando armi bianche, e i feriti sono molti. Dopo ore di attacco i Klingon sfondano le difese di terra della Flotta e irrompono nell'ospedale. L'arrivo della Defiant interrompe i combattimenti e Gowron ordina di ripristinare la tregua.
- Di ritorno dalle Caverne di Fuoco, su Bajor, Keiko O'Brien viene posseduta da un Pah-Wraith, un avversario dei Profeti che mira a prendere possesso del Tempio Celeste. Tramite Keiko il Pah-Wraith obbliga Miles ad aiutarlo, ma un piano escogitato da Rom permette di distruggere il nemico dei Profeti.
- Dax, Worf, Bashir, Leeta e Quark vanno in vacanza su Risa. Worf è scontento della situazione, e aiuta il leader di un movimento estremista a disattivare la griglia di controllo atmosferico del pianeta per fare scappare i turisti e mostrare così la vulnerabilità della Federazione. Alla fine Worf capisce di essersi spinto troppo oltre e con l'aiuto di Dax ferma la protesta.
- Sisko, Dax, Odo e Garak tornano su Deep Space 9 in coma ma col cervello iperattivo. I quattro ufficiali rivivono un periodo oscuro del passato di Odo su Terok Nor, e il suo senso di colpa lo ha spinto a creare una sua versione del Grande Legame, unendoli telepaticamente. Odo ha potuto creare il legame perché i suoi enzimi morfogenici si sono parzialmente riattivati, e può così sperare di tornare un Mutaforma.
- Odo scorta Quark a un'udienza con un Grand Jury della Federazione, ma il runabout viene sabotato e precipita su un pianeta a malapena abitabile. I due tentano di trascinare un trasmettitore in cima a una montagna, per inviare una richiesta di soccorso, ma falliscono per lo sforzo. Vengono salvati dalla Defiant, che li cerca dopo che non sono arrivati all'udienza.
- Cardassia restituisce a Bajor l'unico dipinto che riproduce la perduta città sacra di B'Hala. Studiando in modo ossessivo il dipinto, Sisko capisce dove si trova la città, coronando diecimila anni di ricerche e una specifica profezia su B'Hala e l'Emissario. La Federazione accetta l'ingresso di Bajor, ma Sisko ha una visione che induce sia la Kai che il governo a rimandare.
- Vecchi membri della Cellula Shakaar vengono uccisi in attentati separati, sia su Bajor che su Deep Space 9. Ogni volta Kira riceve un messaggio, creato campionando la sua stessa voce. Odo ottiene una lista di venticinque sospetti, poi la riduce a quattro. Kira identifica il colpevole e parte alla sua ricerca, ma viene catturata. Riesce a liberarsi e a uccidere l'autore degli omicidi.
- Quark compra e rivende a Odo un neonato di Cambiante, creduto morto mentre è solo fortemente debilitato. Con l'aiuto di Mora Pol, che lavora per la Flotta Stellare, Odo riesce a ottenere dei risultati, ma gli sforzi provocano la morte del piccolo. Mentre accade Odo lo tiene in mano e lo "assorbe", riattivando così i propri enzimi morfogenici e tornando ad essere un Mutaforma. Kira partorisce Kirayoshi, il figlio degli O'Brien.
- Il dottor Bashir viene rapito durante una conferenza su Meezan IV. Viene portato in una prigione del Dominio nel Quadrante Gamma e il suo posto sulla Stazione viene preso da un Mutaforma.
- I Maquis, guidati da Eddington, rubano un carico di minerali comuni che risintetizzano per ottenere un'arma biogenica con cui attaccano una colonia cardassiana. Poi minacciano di fare altrettanto con ogni altra colonia nella Zona smilitarizzata, e in effetti attaccano anche Quatal Prime. Sisko fa lo stesso con la colonia maquis su Solosos III, poi minaccia di rispondere colpo su colpo ai Maquis, che interrompono la serie di attacchi. Eddington si arrende e viene arrestato. Cardassia e la Federazione si scambiano le reciproche colonie colpite dai terroristi.
- Su Farius Prime, un mondo neutrale controllato di fatto dal Sindacato di Orione, iniziano a venire uccisi gli agenti della StarFleet Intelligence che operano sotto copertura.
- Cardassia firma il trattato di annessione al Dominio. In cambio della testa di ponte nel Quadrante Alpha, Cardassia ottiene il perdono per il tentato genocidio dei Fondatori.
- Julian Bashir, prigioniero del Dominio nel Campo d'Internamento 371, viene messo in isolamento. La durata di questo isolamento verrà usata da Sloan per accusare Bashir di tradimento.
- Deep Space 9 riceve una trasmissione dal Gamma, inviata in un codice che solo Garak capisce: è di Enabran Tain, e ripete la parola "vivo". Worf e Garak fanno ricerche nel Gamma ma vengono catturati dai Jem'Hadar, che li chiudono in un campo di prigionia insieme a Tain, Martok e Bashir. Centinaia di navi del Dominio attraversano il Tunnel Spaziale, ma invece di iniziare l'invasione dell'Alpha si dirigono verso Cardassia. Dukat comunica di aver firmato un trattato per l'ingresso dell'Unione nel Dominio. Il Mutaforma che ha preso il posto di Bashir cerca di far esplodere il sole di Bajor per eliminare la resistenza all'invasione e prendere il controllo del Tunnel Spaziale, ma viene fermato. Tain muore, mentre Garak, Worf, Bashir e Martok riescono a tornare su Deep Space 9.
- Il dottor Lewis Zimmerman, padre del MOE, si reca su Deep Space 9: ha scelto il dottor Bashir come base per un MOE 2.0, maggiormente capace di interagire con le persone. Intervista amici e parenti di Bashir, e suo padre si lascia scappare che il giovane Julian è stato sottoposto ad un potenziamento genetico, illegale nella Federazione. Bashir si reca da Sisko per autodenunciarsi, ma è stato preceduto dal padre che viene condannato a due anni di prigione.
- Sisko viene invitato su Cardassia da Dukat: il Dominio ha deciso di restituire a Bajor uno dei Cristalli dei Profeti in mano cardassiana, e Sisko deve assicurarne il trasporto. Insieme al Cristallo la Defiant imbarca un mercante umano, Barry Waddle, rimasto bloccato sul pianeta quando i Klingon hanno attaccato Cardassia. Durante il viaggio di ritorno la Defiant balza nel passato, e si ritrova vicino alla Stazione K-7 durante la "Crisi del Pianeta di Sherman" con l'Impero Klingon. Barry Waddle è in realtà la versione futura di Arne Darvin, l'agente dell'Intelligence Imperiale che ha avvelenato il grano quadrotriticale destinato al pianeta. All'epoca, nel 2268, Kirk ha vanificato il piano di Darvin. Waddle vuole far esplodere la Stazione e ripristinare il suo onore, ma viene fermato da Sisko e riportato nel presente.
- Odo arresta una donna che ha tentato di accedere alla rete dati di Deep Space 9 senza autorizzazione. Le indagini lo portano a scoprire che si tratta di un agente sotto copertura dei servizi segreti idaniani, che si è infiltrata nel Sindacato di Orione su Finnea e ha raccolto preziosi dati sul loro operato.
- Due settimane dopo la missione su K-7, Sisko viene interrogato dagli agenti Dulmur e Lucsly del Dipartimento Indagini Temporali, che non riscontrano alcuna alterazione del continuum.
- Depresso per l'andamento degli affari, Quark viene convinto dal cugino Gaila a entrare nel lucroso mondo della vendita di armi. Si rivela un ottimo venditore, finché la richiesta di vendere armi biogeniche gli provoca una crisi di coscienza che Quark risolve facendo saltare l'accordo e facendo arrestare suo cugino e il suo socio in affari.
- Più di due anni dopo essere stata fatta passare per la figlia scomparsa di Tekeny Ghemor, Kira riceve la visita del Legato cardassiano su Deep Space 9. L'uomo sta morendo, e non avendo familiari stretti con cui confidarsi ha deciso di seguire un'antica tradizione e rivelare a lei tutti i segreti - politici e militari - di cui è a conoscenza.
- Con il bar chiuso per lavori, Quark parte per Ferenginar, dove scopre che sua madre e il Grande Nagus hanno una relazione. Brunt, in cambio della restituzione della licenza commerciale, lo trascina in un complotto per screditare Zek, che sembra incapace di condurre gli affari in modo profittevole. Anche questo è però un piano, del Grande Nagus, per aumentare il suo potere e la sua ricchezza, e Brunt rimane con un pugno di mosche.
- Di ritorno da una missione nel Gamma la Defiant precipita su un pianeta e indietro nel tempo di duecento anni. Gli eredi dei superstiti fingono di aiutarli a tornare indietro, mentre in realtà organizzano l'incidente che ha creato la loro comunità. La Defiant viene aiutata davvero da Odo - l'originale, che è immortale - che vuole impedire l'unica morte avvenuta nel naufragio: quella di Kira.
- Martok parte con Worf e Jadzia per cercare una nave klingon scomparsa. Si imbarca sul Rotarran, uno Sparviero con un equipaggio sfiduciato che non vince una battaglia da mesi. Pian piano costruisce una carica di aggressività repressa nei guerrieri, che quando infine si scontrano con i Jem'Hadar vincono la battaglia e riacquistano onore e rispetto di se stessi.
- La Rotarran intercetta un messaggio dei Maquis, in cui una donna conferma a "Michael" di aver lanciato missili verso Cardassia. I Maquis avevano numerose testate biogeniche, e i Klingon li hanno forniti di vecchi dispositivi di occultamento che possono aver montato sui missili. Sisko ed Eddington raggiungono Athos IV: i missili non sono mai esistiti, e la trasmissione era uno stratagemma concordato con la moglie per aiutarlo a evadere. I Jem'Hadar hanno però scoperto quest'ultimo gruppo di combattenti, ed Eddington si sacrifica per permettere a Sisko di portare in salvo la moglie e i suoi compagni.
- Navi klingon e della Flotta Stellare iniziano a scomparire sistematicamente dalle zone di confine con il Dominio. Il Comando della Flotta Stellare ritiene che si tratti delle prime mosse di guerra.
- Dozzine di navi cargo e centinaia di navi militari attraversano il Tunnel dirette dal Dominio a Cardassia: ufficialmente si tratta di un convoglio di aiuti umanitari, in pratica sono rinforzi.
- Secondo attacco Borg alla Terra. La Flotta Stellare riesce a fermare il Cubo, che tuttavia lancia una Sfera che viaggia indietro nel tempo fino al 4 aprile 2063.
- O'Brien e un gruppo di ingegneri, insieme a Garak, raggiungono Empok Nor - stazione gemella di Terok Nor / Deep Space 9 - alla ricerca di parti di ricambio. Soldati cardassiani potenziati da droghe psicotrope sono però stati lasciati di guardia, e prima di venire eliminati riescono a uccidere quasi tutti gli ufficiali della Flotta Stellare.
- Un secondo convoglio di "aiuti umanitari", identico al primo, arriva dal Dominio a Cardassia passando attraverso il Tunnel Spaziale.
- La USS Valiant, una nave d'addestramento dell'Accademia della Flotta Stellare di classe Defiant, lascia il Sistema Solare con un equipaggio di sette ufficiali e trentacinque cadetti.
- Il Dominio richiede un incontro con la Kai di Bajor su Deep Space 9, e propone un patto di non aggressione in caso di guerra con la Federazione. È chiaramente un modo per assicurarsi l'accesso al Tunnel Spaziale, e Kai Winn tergiversa dopo averne parlato con Sisko.
- Un terzo convoglio di "aiuti umanitari", identico ai primi due, arriva dal Dominio a Cardassia passando attraverso il Tunnel Spaziale.
- Un quarto convoglio di "aiuti umanitari", identico ai primi tre, arriva dal Dominio a Cardassia passando attraverso il Tunnel Spaziale.
- Un quinto convoglio di "aiuti umanitari", identico ai primi quattro, arriva dal Dominio a Cardassia passando attraverso il Tunnel Spaziale. Su Deep Space 9 continuano gli incontri fra il Dominio e la Kai per decidere il futuro status di Bajor in caso di guerra: neutrale o dalla parte della Federazione? Su Deep Space 9 continua, a passo accelerato, la partenza dei civili: non solo alieni e Bajoriani, ma anche i familiari degli ufficiali della Flotta Stellare che tornano nella Federazione.
- Volendo impedire l'arrivo di un sesto convoglio di "aiuti", Sisko decide di minare il Tunnel Spaziale, conscio che costituirà un atto di guerra e che il Dominio attaccherà. La Flotta Stellare approva il piano di Sisko ma lo avvisa che non ci sono altre navi, né federali né klingon, disponibili per la difesa di Deep Space 9 perché è in preparazione un'altra operazione. Romulani, Tholiani e Miradorn firmano un patto di non aggressione con il Dominio. Federazione e Impero Klingon sono sempre più soli. Si discute di come minare il Tunnel Spaziale, e Rom ha l'idea giusta: mine occultate e autoreplicanti. Se il Dominio ne fa esplodere qualcuna, quelle vicine ripristinano il campo.
- La Defiant inizia a stendere il campo minato, che dev'essere completato prima di essere attivato. Weyoun informa Sisko che il Dominio lo considera un atto di guerra. Appena Weyoun lascia la Stazione le forze del Dominio e di Cardassia iniziano a raggrupparsi per attaccare Deep Space 9. Come Emissario, Sisko contatta Shakaar e la Kai e consiglia di firmare il patto proposto dal Dominio, per evitare una nuova Occupazione e lo sterminio della popolazione. Bajor firma.
- All'alba, le forze del Dominio passano il confine con Bajor e iniziano l'assalto a Deep Space 9, con lo scopo di controllare l'accesso al Tunnel e far affluire i rinforzi dal Gamma. Il governo di Bajor chiede "ufficialmente" a Sisko di restituire ala Milizia il controllo della Stazione. Sisko ignora la richiesta e si prepara a combattere contro il Dominio. Mentre i sistemi della Stazione reggono al primo assalto, il Rotarran di Martok protegge la Defiant e le dà il tempo di finire la posa del campo minato, che viene attivato bloccando il Tunnel. Quando i sensori avvistano l'arrivo di una seconda flotta del Dominio, Sisko ordina di abbandonare Deep Space 9 e cede il comando alla Milizia bajoriana. Kira prende il comando, dà ufficialmente il benvenuto al Dominio sulla Stazione, poi attiva un comando che autodistrugge tutti i sistemi di bordo, lasciando solo un guscio vuoto. Mentre si combatte attorno a Deep Space 9, una forza combinata federale e klingon attacca i cantieri navali del Dominio su Torros III, infliggendo gravi perdite al nemico. Deep Space 9, occupata, riprende il vecchio nome di Terok Nor. Dukat vorrebbe occupare Bajor, ma Weyoun lo ferma: il Dominio ha firmato un patto, e Cardassia deve obbedire. Weyoun è preoccupato: tra Bajor e Torros il Dominio ha perso cinquanta navi, e senza Tunnel e senza cantieri sono perdite difficili da colmare in breve tempo. La guerra sarà lunga.
- La USS Seleya, insieme alle altre navi dell’Ala Vulcaniana, viene aggregata alla Quinta Flotta di presidio al Sistema di Vulcano e ai settori centrali della Federazione.